diff --git a/internal_use/docs/locale/ar/LC_MESSAGES/Translocation.po b/internal_use/docs/locale/ar/LC_MESSAGES/Translocation.po new file mode 100644 index 000000000..7e888c105 --- /dev/null +++ b/internal_use/docs/locale/ar/LC_MESSAGES/Translocation.po @@ -0,0 +1,2549 @@ +# SOME DESCRIPTIVE TITLE. +# Copyright (C) 2023, Imaging Platform +# This file is distributed under the same license as the cellprofiler-tutorials package. +# FIRST AUTHOR , YEAR. +# +# Translators: +# Beth Cimini, 2026 +# +#, fuzzy +msgid "" +msgstr "" +"Project-Id-Version: cellprofiler-tutorials\n" +"Report-Msgid-Bugs-To: \n" +"POT-Creation-Date: 2024-03-15 11:33-0400\n" +"PO-Revision-Date: 2023-12-13 22:27+0000\n" +"Last-Translator: Beth Cimini, 2026\n" +"Language-Team: Arabic (https://app.transifex.com/center-for-open-bioimage-analysis/teams/169339/ar/)\n" +"MIME-Version: 1.0\n" +"Content-Type: text/plain; charset=UTF-8\n" +"Content-Transfer-Encoding: 8bit\n" +"Language: ar\n" +"Plural-Forms: nplurals=6; plural=n==0 ? 0 : n==1 ? 1 : n==2 ? 2 : n%100>=3 && n%100<=10 ? 3 : n%100>=11 && n%100<=99 ? 4 : 5;\n" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:2 +msgid "Translocation Tutorial" +msgstr "دليل الانتقال" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:4 +msgid "" +"**Image-based screening using subcellular localization of FOXO1A in " +"osteosarcoma cells: A computer exercise using CellProfiler & CellProfiler " +"Analyst software**" +msgstr "" +"**الفحص القائم على الصور باستخدام التموضع الخلوي الفرعي لـ FOXO1A في خلايا " +"ساركوما العظام: تمرين حاسوبي باستخدام برنامج CellProfiler و CellProfiler " +"Analyst**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:6 +msgid "" +"Beth Cimini, Carolina Wählby, Martin Simonsson, Megan Rokop and Mark Bray, " +"Broad Institute" +msgstr "" +"بيث سيميني، كارولينا والبي، مارتن سيمونسون، ميغان روكوب، ومارك براي، معهد " +"برود" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:9 +msgid "**Background information:**" +msgstr "**معلومات أساسية:**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:11 +msgid "" +"In this experiment, we are working with human U2OS osteosarcoma (bone " +"cancer) cells, in which a Forkhead-protein FOXO1A has been labeled with GFP " +"(Green Fluorescent Protein). In proliferating cells, FOXO1A is localized in " +"the cytoplasm; it is constantly moving into the nucleus, but is transported " +"out again by export proteins. Upon inhibition of nuclear export, FOXO1A " +"accumulates in the nucleus. We know that 150nM of Wortmannin (the drug we " +"are using as a positive control in this experiment) inhibits transport of " +"the FOXO1A protein from the nucleus back out to the cytoplasm (Fig. 1). " +"Labeling FOXO1A with GFP allows us to visualize its subcellular " +"localization. The goal of developing image-based screens of this type is to " +"aid in the search for unknown drugs that have the same effect as Wortmannin " +"on FOXO1A subcellular localization (and hence may be possible treatments for" +" osteosarcoma patients), but possess fewer side effects than the known " +"drugs." +msgstr "" +"في هذه التجربة، نعمل على خلايا سرطان العظام U2OS البشرية، حيث تم وسم بروتين " +"FOXO1A، وهو بروتين من عائلة Forkhead، ببروتين GFP (البروتين الفلوري الأخضر)." +" في الخلايا المتكاثرة، يتمركز بروتين FOXO1A في السيتوبلازم، وينتقل باستمرار " +"إلى النواة، ثم يُنقل منها مرة أخرى بواسطة بروتينات التصدير. عند تثبيط " +"التصدير النووي، يتراكم بروتين FOXO1A في النواة. نعلم أن تركيز 150 نانومتر من" +" وورتمنين (الدواء الذي نستخدمه كعنصر تحكم إيجابي في هذه التجربة) يثبط نقل " +"بروتين FOXO1A من النواة إلى السيتوبلازم (الشكل 1). يسمح لنا وسم بروتين " +"FOXO1A ببروتين GFP بتصوير موقعه داخل الخلية. الهدف من تطوير الفحوصات القائمة" +" على الصور من هذا النوع هو المساعدة في البحث عن أدوية غير معروفة لها نفس " +"تأثير وورتمنين على التموضع الخلوي الفرعي لـ FOXO1A (وبالتالي قد تكون علاجات " +"محتملة لمرضى ساركوما العظام)، ولكنها تمتلك آثارًا جانبية أقل من الأدوية " +"المعروفة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:31 +msgid "" +"*Figure 1: Examples of FOXO1A-GFP localization. **Left:** Cytoplasmic" +" localization in untreated cells. **Right:** Nuclear localization in " +"Wortmannin treated cells.
Green: **GFP**, Magenta: **DNA**.*" +msgstr "" +"*الشكل 1: أمثلة على تموضع بروتين FOXO1A-GFP. **يسار:** تموضع " +"سيتوبلازمي في الخلايا غير المعالجة. **يمين:** تموضع نووي في الخلايا" +" المعالجة بالورتمنين.
أخضر: بروتين GFP، أرجواني: الحمض النووي DNA." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:39 +msgid "**Goals of this exercise:**" +msgstr "**أهداف هذا التمرين:**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:41 +msgid "" +"In this exercise, we aim to: (1) determine this lowest possible dose " +"necessary to observe this effect, and (2) to optimize the analysis of images" +" in which FOXO1A is cytoplasmic versus nuclear, in order to separate " +"positive controls and negative controls as best as possible." +msgstr "" +"في هذا التمرين، نهدف إلى: (1) تحديد أقل جرعة ممكنة ضرورية لملاحظة هذا " +"التأثير، و(2) تحسين تحليل الصور التي يكون فيها FOXO1A سيتوبلازميًا مقابل " +"نوويًا، من أجل فصل الضوابط الإيجابية والضوابط السلبية على أفضل وجه ممكن." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:46 +msgid "**Materials necessary for this exercise:**" +msgstr "**المواد اللازمة لهذا التمرين:**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:48 +msgid "" +"The images you will be analyzing were taken from cells growing in a standard" +" 96-well plate, but you will work with a subset of only 26 of these images: " +"8 wells were left untreated (and were therefore negative controls), 8 wells " +"were treated with the maximum dose of the drug Wortmannin (and were " +"therefore positive controls), and 10 wells were used to create a dose " +"gradient with increasing concentration of the drug. In addition to these " +"images, a text file called “Translocation_doses_and_controls.csv” is " +"provided, containing information about where on the 96-well plate the wells " +"were located, and how the cells were treated." +msgstr "" +"الصور التي ستقوم بتحليلها مأخوذة من خلايا نامية في صفيحة قياسية ذات 96 " +"بئرًا، ولكنك ستعمل على مجموعة فرعية منها تضم 26 صورة فقط: 8 آبار تُركت دون " +"معالجة (وبالتالي كانت ضوابط سلبية)، و8 آبار عُولجت بأقصى جرعة من دواء " +"وورتمنين (وبالتالي كانت ضوابط إيجابية)، و10 آبار استُخدمت لإنشاء تدرج جرعة " +"مع زيادة تركيز الدواء. بالإضافة إلى هذه الصور، يتوفر ملف نصي باسم " +"\"Translocation_doses_and_controls.csv\" يحتوي على معلومات حول مواقع الآبار " +"على صفيحة الـ 96 بئرًا، وكيفية معالجة الخلايا." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:59 +msgid "**Methods to be used in this exercise:**" +msgstr "**الأساليب المستخدمة في هذا التمرين:**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:61 +msgid "" +"In this exercise, you will use CellProfiler and CellProfiler Analyst to " +"identify and delineate (or “segment”) each nucleus and cell body, and " +"extract a number of measurements from each cell. You have a total of 26 " +"images, with approximately 200 cells per image, so you want to automate the " +"process of identifying and segmenting the cells. The first task is to set up" +" a CellProfiler **pipeline** consisting of a number of individual " +"**modules**; each module performs a unique image-processing step, and " +"multiple modules can be arranged such that they are executed in sequential " +"order. You will test your pipeline on a few images so that you can optimize " +"the settings. Once optimization is complete, you will run the pipeline on " +"all the images in the experiment, collect measurements from each cell and " +"store them in a database. At this point, you will use CellProfiler Analyst " +"to visualize your data, and use its machine learning tool to train the " +"computer to distinguish between treated and untreated cells." +msgstr "" +"في هذا التمرين، ستستخدم برنامجي CellProfiler وCellProfiler Analyst لتحديد " +"وفصل (أو \"تقسيم\") كل نواة وجسم خلية، واستخراج عدد من القياسات من كل خلية. " +"لديك 26 صورة، تحتوي كل صورة منها على حوالي 200 خلية، لذا فأنت ترغب في أتمتة " +"عملية تحديد وتقسيم الخلايا. تتمثل المهمة الأولى في إعداد **خط أنابيب** " +"لبرنامج CellProfiler يتكون من عدد من **الوحدات** الفردية؛ حيث تُنفذ كل وحدة " +"خطوة فريدة في معالجة الصور، ويمكن ترتيب الوحدات المتعددة بحيث يتم تنفيذها " +"بالتسلسل. ستختبر خط الأنابيب على عدد قليل من الصور لتحسين الإعدادات. بمجرد " +"اكتمال التحسين، ستُشغل خط الأنابيب على جميع الصور في التجربة، وتجمع القياسات" +" من كل خلية وتخزنها في قاعدة بيانات. عند هذه المرحلة، ستستخدم برنامج " +"CellProfiler Analyst لعرض بياناتك، وستستخدم أداة التعلم الآلي الخاصة به " +"لتدريب الحاسوب على التمييز بين الخلايا المعالجة وغير المعالجة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:77 +msgid "" +"Exercise I: Using the CellProfiler software to identify features and obtain " +"measurements from cellular images." +msgstr "" +"التمرين الأول: استخدام برنامج CellProfiler لتحديد الميزات والحصول على " +"القياسات من الصور الخلوية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:79 +msgid "" +"1. **Starting CellProfiler and configuring the input data for analysis**" +msgstr "1. **تشغيل برنامج CellProfiler وتكوين بيانات الإدخال للتحليل**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:81 +msgid "" +"Start CellProfiler by double-clicking the desktop icon " +msgstr "" +"ابدأ تشغيل برنامج CellProfiler بالنقر المزدوج على أيقونة سطح المكتب " + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:83 +msgid "" +"In the CellProfiler interface, you will see the File List panel, a blank " +"panel indicated by the text “Drop files and folders here”. The File list " +"panel is the main interface of the **Images** module, which compiles a list " +"of files and/or folders that you want to analyze; this module is highlighted" +" in the **Input** modules panel which is located at the upper-left of " +"CellProfiler." +msgstr "" +"في واجهة برنامج CellProfiler، ستجد لوحة قائمة الملفات، وهي لوحة فارغة يُشار " +"إليها بعبارة \"أسقط الملفات والمجلدات هنا\". تُعدّ لوحة قائمة الملفات " +"الواجهة الرئيسية لوحدة **الصور**، التي تُنشئ قائمة بالملفات و/أو المجلدات " +"التي ترغب في تحليلها؛ وتُبرز هذه الوحدة في لوحة وحدات **الإدخال** الموجودة " +"في أعلى يسار برنامج CellProfiler." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:90 +msgid "" +"From File Explorer (Windows) or Finder (Mac), drag and drop the " +"“TranslocationData” folder into this panel. The names of your files in the " +"TranslocationData folder should now appear in the File list panel. Double-" +"click on “BBBC013_A01_s1_w1.tif” and “BBBC013_A12_s1_w1.tif” to see what " +"examples of negative and positive GFP controls look like, respectively." +msgstr "" +"من مستكشف الملفات (ويندوز) أو فايندر (ماك)، اسحب مجلد \"TranslocationData\" " +"وأفلته في هذه اللوحة. ستظهر أسماء ملفاتك الموجودة في مجلد TranslocationData " +"الآن في لوحة قائمة الملفات. انقر نقرًا مزدوجًا على \"BBBC013_A01_s1_w1.tif\"" +" و\"BBBC013_A12_s1_w1.tif\" لمشاهدة أمثلة على عناصر التحكم السلبية " +"والإيجابية لبروتين GFP، على التوالي." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:97 +msgid "" +"Scroll to the bottom of the File list and note that in addition to the image" +" files, there is a file called “Translocation_doses_and_controls.csv”. We " +"only want image files to be analyzed in CellProfiler so this file needs to " +"be removed from consideration. To do this, follow the next step." +msgstr "" +"انتقل إلى أسفل قائمة الملفات، ولاحظ أنه بالإضافة إلى ملفات الصور، يوجد ملف " +"باسم \"Translocation_doses_and_controls.csv\". نريد تحليل ملفات الصور فقط في" +" برنامج CellProfiler، لذا يجب استبعاد هذا الملف. للقيام بذلك، اتبع الخطوة " +"التالية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:100 +msgid "" +"Under the Module settings panel (below the File list), you will see a " +"control for specifying which files should be used from the above list. " +"Select \"Images only\" from the Filter Images dropdown menu. Click on the " +" button to " +"filter out the non-image files. You will see that the CSV file is then " +"grayed-out in the list, indicating that it will not be used." +msgstr "" +"في لوحة إعدادات الوحدة (أسفل قائمة الملفات)، ستجد خيارًا لتحديد الملفات " +"المراد استخدامها من القائمة أعلاه. اختر \"الصور فقط\" من القائمة المنسدلة " +"\"تصفية الصور\". انقر على زر لتصفية الملفات غير الصور. ستلاحظ أن ملف CSV سيصبح باهتًا في " +"القائمة، مما يشير إلى أنه لن يُستخدم." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:105 +msgid "" +"Click on the **Metadata** module, which is the second module in the Input " +"module panel; this module allows you to provide information about the drug " +"dosages and location on the plate." +msgstr "" +"انقر على وحدة **البيانات الوصفية**، وهي الوحدة الثانية في لوحة وحدة الإدخال؛" +" تتيح لك هذه الوحدة تقديم معلومات حول جرعات الدواء وموقعه على اللوحة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:109 +msgid "" +"The first extraction set up for you in the **Metadata** module extracts " +"information about the plate, well, site, and channel of each image by " +"parsing the file name." +msgstr "" +"يقوم أول إعداد استخراج لك في وحدة **البيانات الوصفية** باستخراج معلومات حول " +"اللوحة والبئر والموقع والقناة لكل صورة عن طريق تحليل اسم الملف." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:113 +msgid "" +"Click the icon " +"to the right of the text box labeled “Regular expression”." +msgstr "" +"انقر فوق الرمز " +"الموجود على يمين مربع النص المسمى \"التعبير النمطي\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:115 +msgid "" +"A new dialog box will appear to assist in comparing the entered regular " +"expression against an example image filename." +msgstr "" +"سيظهر مربع حوار جديد للمساعدة في مقارنة التعبير النمطي المدخل مع اسم ملف " +"صورة كمثال." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:117 +msgid "" +"You will see the color of the “Plate”, “Well”, “Site” and “ChannelNumber” " +"text match the color of the corresponding portion in the Test text below." +msgstr "" +"سترى أن لون نص \"Plate\" و \"Well\" و \"Site\" و \"ChannelNumber\" يتطابق مع" +" لون الجزء المقابل في نص الاختبار أدناه." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:120 +msgid "" +"Once finished, click the “Submit” button to use this expression in the " +"**Metadata** module." +msgstr "" +"بمجرد الانتهاء، انقر فوق زر \"إرسال\" لاستخدام هذا التعبير في وحدة " +"**البيانات الوصفية**." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:123 +msgid "" +"The second metadata extraction step requires you to tell CellProfiler the " +"location of a CSV file. It is looking for it in CellProfiler's Default " +"Input Folder, which we must therefore configure." +msgstr "" +"تتطلب خطوة استخراج البيانات الوصفية الثانية تحديد موقع ملف CSV لبرنامج " +"CellProfiler. يبحث البرنامج عنه في مجلد الإدخال الافتراضي الخاص به، والذي " +"يجب علينا بالتالي ضبطه." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:127 +msgid "" +"This is the file describing the image names, locations in the 96-well plate," +" and doses." +msgstr "هذا هو الملف الذي يصف أسماء الصور ومواقعها في لوحة 96 بئراً والجرعات." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:129 +msgid "" +"Click the file selection box next to \"Metadata file name\" line and " +"navigate to the location of the TranslocationData folder on your computer, " +"then select the **Translocation_doses_and_controls.csv** file within." +msgstr "" +"انقر فوق مربع تحديد الملف بجوار سطر \"اسم ملف البيانات الوصفية\" وانتقل إلى " +"موقع مجلد TranslocationData على جهاز الكمبيوتر الخاص بك، ثم حدد ملف " +"**Translocation_doses_and_controls.csv** الموجود بداخله." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:133 +msgid "" +"Return to the **Metadata** module and press ‘Update’. You should now see a " +"number of columns in the Metadata window." +msgstr "" +"ارجع إلى وحدة **البيانات الوصفية** واضغط على \"تحديث\". ستظهر لك الآن عدة " +"أعمدة في نافذة البيانات الوصفية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:136 +msgid "" +"If you examine the metadata matching, you can see that “Well” is selected " +"from both drop-downs under “CSV Metadata” and “Image Metadata”. This " +"indicates that the information stored in the CSVs \"Well\" column should be " +"matched to the well metadata values obtained from the filename in the first " +"extraction step." +msgstr "" +"إذا فحصتَ مطابقة البيانات الوصفية، ستلاحظ أن \"بئر\" مُختار من القائمتين " +"المنسدلتين تحت \"بيانات وصفية لملف CSV\" و\"بيانات وصفية للصورة\". هذا يُشير" +" إلى أنه يجب مطابقة المعلومات المُخزّنة في عمود \"بئر\" في ملفات CSV مع قيم " +"البيانات الوصفية للبئر المُستخرجة من اسم الملف في خطوة الاستخراج الأولى." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:142 +msgid "" +"Next to the setting labeled “Metadata data type”, make sure “Choose for " +"each” is selected from the drop-down. For the “Dose” metadata, select " +"“Float” as the data type. Leave the remaining metadata at the default “Text”" +" values." +msgstr "" +"بجوار الإعداد المسمى \"نوع بيانات التعريف\"، تأكد من تحديد \"اختيار لكل " +"عنصر\" من القائمة المنسدلة. بالنسبة لبيانات التعريف \"الجرعة\"، حدد \"عدد " +"عشري\" كنوع البيانات. اترك باقي بيانات التعريف على القيم الافتراضية \"نص\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:147 +msgid "" +"Click on the **NamesAndTypes** module, which is the third module in the " +"Input module panel; this module allows you to assign a meaningful name to " +"each image by which other modules will refer to it." +msgstr "" +"انقر على وحدة **NamesAndTypes**، وهي الوحدة الثالثة في لوحة وحدة الإدخال؛ " +"تتيح لك هذه الوحدة تعيين اسم ذي معنى لكل صورة والتي ستشير إليها الوحدات " +"الأخرى." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:151 +msgid "" +"Note how the images are assigned to channels: images containing \"w1\" in " +"their file name are assigned to the name \"rawGFP\", while those with \"w2\"" +" are assigned \"rawDNA\"." +msgstr "" +"لاحظ كيف يتم تعيين الصور للقنوات: يتم تعيين الصور التي تحتوي على \"w1\" في " +"اسم ملفها إلى الاسم \"rawGFP\"، بينما يتم تعيين تلك التي تحتوي على \"w2\" " +"إلى \"rawDNA\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:154 +msgid "" +"Click the “Update” button below the divider to display a table that shows " +"each channel pair matched up for the 26 wells in the assay." +msgstr "" +"انقر فوق زر \"التحديث\" أسفل الفاصل لعرض جدول يوضح كل زوج من القنوات " +"المتطابقة مع الآبار الـ 26 في التحليل." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:157 +msgid "" +"2. **Identifying the nuclei as the “primary objects” that you will " +"analyze**" +msgstr "2. **تحديد النوى باعتبارها \"الأجسام الأساسية\" التي ستقوم بتحليلها**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:159 +msgid "" +"Now that the module inputs and outputs are set up, in your module, the " +"remaining settings need to be adjusted to best detect the nuclei. The most " +"effective approach for this task is to use CellProfiler’s “Test mode,” which" +" will allow you to see the results of your chosen settings, and adjust them " +"as needed." +msgstr "" +"بعد إعداد مدخلات ومخرجات الوحدة، يلزم ضبط الإعدادات المتبقية في وحدتك لتحقيق" +" أفضل كشف للنوى. وأفضل طريقة لإنجاز هذه المهمة هي استخدام \"وضع الاختبار\" " +"في برنامج CellProfiler، والذي يتيح لك رؤية نتائج الإعدادات التي اخترتها، " +"وتعديلها حسب الحاجة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:165 +msgid "" +"Click the " +"button to the bottom-left of the CellProfiler interface. You will see icons appear next to " +"the modules in the pipeline, as well as new buttons appear below the " +"modules." +msgstr "" +"انقر على زر " +"الموجود أسفل يسار واجهة CellProfiler. ستظهر أيقونات بجوار الوحدات في مسار" +" المعالجة، بالإضافة إلى ظهور أزرار جديدة أسفل الوحدات." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:167 +msgid "" +"Click on the button " +"below the pipeline panel, in order to progress through each module in the " +"pipeline, one by one. Upon stepping through the **IdentifyPrimaryObjects** " +"module, a module display window will appear similar to that shown in Figure " +"2 below." +msgstr "" +"انقر على زر أسفل لوحة" +" خط الأنابيب، للتنقل بين كل وحدة من وحدات خط الأنابيب، واحدة تلو الأخرى. عند" +" الانتقال إلى وحدة **IdentifyPrimaryObjects**، ستظهر نافذة عرض الوحدة مشابهة" +" لتلك الموضحة في الشكل 2 أدناه." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:174 +msgid "*Figure 2: Example module display window for IdentifyPrimaryObjects.*" +msgstr "" +"*الشكل 2: مثال على نافذة عرض الوحدة النمطية لـ IdentifyPrimaryObjects.*" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:177 +msgid "" +"For the **IdentifyPrimaryObjects** module, the goal is to have the outlines " +"match the actual nuclei boundaries as well as possible, as well as " +"separating touching objects accurately. Said another way, you do not want " +"the program to split a single object (in this case, a single nucleus) into " +"multiple objects, and you do not want the program to merge multiple objects " +"into a single object." +msgstr "" +"بالنسبة لوحدة **IdentifyPrimaryObjects**، يكمن الهدف في مطابقة الخطوط " +"الخارجية لحدود النوى الفعلية قدر الإمكان، بالإضافة إلى فصل الأجسام المتلامسة" +" بدقة. بعبارة أخرى، لا نريد أن يقوم البرنامج بتقسيم جسم واحد (في هذه الحالة،" +" نواة واحدة) إلى عدة أجسام، ولا نريده أن يدمج عدة أجسام في جسم واحد." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:184 +msgid "" +"The results of *IdentifyPrimaryObjects* are displayed in four panels in the " +"display window, as shown in Fig. 2:" +msgstr "" +"يتم عرض نتائج *IdentifyPrimaryObjects* في أربع لوحات في نافذة العرض، كما هو " +"موضح في الشكل 2:" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:187 +msgid "" +"Upper left: The raw image, titled as “Input image, cycle #” plus the image " +"number" +msgstr "" +"أعلى اليسار: الصورة الأصلية، بعنوان \"صورة الإدخال، الدورة رقم\" بالإضافة " +"إلى رقم الصورة" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:189 +msgid "" +"Upper right: A colored image of the identified and labeled objects, titled " +"with the object name (in this case, “Nuclei”). Note that the colors " +"themselves are arbitrary, intended to distinguish each identified object " +"from its neighbors." +msgstr "" +"أعلى اليمين: صورة ملونة للأجسام المحددة والمُصنفة، معنونة باسم الجسم (في هذه" +" الحالة، \"النوى\"). لاحظ أن الألوان نفسها اختيارية، وتهدف إلى تمييز كل جسم " +"محدد عن الأجسام المجاورة له." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:193 +msgid "" +"Lower left: An image of the object outlines superimposed on the raw image, " +"titled with the object name. Green outlines around an object indicate that " +"the object has passed the selection criteria in the module. Yellow outlines " +"indicate that the object touches the image edge, and has therefore been " +"excluded. Pink outlines indicate objects that do not pass a size criterion, " +"and have therefore been excluded." +msgstr "" +"أسفل اليسار: صورة لحدود الكائن مُركّبة على الصورة الأصلية، مع عنوان باسم " +"الكائن. تشير الحدود الخضراء حول الكائن إلى أنه استوفى معايير الاختيار في " +"الوحدة. تشير الحدود الصفراء إلى أن الكائن يلامس حافة الصورة، وبالتالي تم " +"استبعاده. تشير الحدود الوردية إلى الكائنات التي لا تستوفي معيار الحجم، " +"وبالتالي تم استبعادها." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:199 +msgid "Lower right: A table of module setting values and statistics" +msgstr "أسفل اليمين: جدول بقيم إعدادات الوحدة وإحصائياتها" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:201 +msgid "" +"There are some image tools on the top toolbar that may be helpful to see the" +" individual objects:" +msgstr "" +"توجد بعض أدوات الصور في شريط الأدوات العلوي والتي قد تكون مفيدة لرؤية " +"العناصر الفردية:" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:210 +msgid "" +"The 1st icon from the left lets you reset the view back to the original " +"view." +msgstr "تتيح لك الأيقونة الأولى من اليسار إعادة ضبط العرض إلى العرض الأصلي." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:213 +msgid "" +"The 2nd and 3rd icons let you step backwards and forwards through any " +"changes you made to the view." +msgstr "" +"تتيح لك الأيقونتان الثانية والثالثة الرجوع والتقدم للأمام عبر أي تغييرات " +"أجريتها على العرض." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:216 +msgid "" +"The 4th icon lets you change the view by moving in any direction in the " +"display, by clicking and dragging." +msgstr "" +"تتيح لك الأيقونة الرابعة تغيير طريقة العرض عن طريق التحرك في أي اتجاه على " +"الشاشة، وذلك بالنقر والسحب." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:219 +msgid "" +"The 5th icon lets you change the view by zooming, by dragging and drawing a " +"box to zoom in on." +msgstr "" +"تتيح لك الأيقونة الخامسة تغيير العرض عن طريق التكبير والتصغير، وذلك عن طريق " +"سحب ورسم مربع للتكبير عليه." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:222 +msgid "" +"Zoom in the image in order to see the quality of the nuclei identification. " +"The result may look like Figure 3." +msgstr "" +"قم بتكبير الصورة لرؤية جودة تحديد النوى. قد تبدو النتيجة كما في الشكل 3." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:229 +msgid "" +"*Figure 3: A zoomed-in view of the display window for " +"IdentifyPrimaryObjects*" +msgstr "*الشكل 3: عرض مكبّر لنافذة عرض برنامج IdentifyPrimaryObjects*" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:232 +msgid "3. **Improve identification of primary objects**" +msgstr "3. **تحسين تحديد الأشياء الأساسية**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:234 +msgid "" +"In this instance, in Figure 3, you can see that the outlines capture too " +"much of the background around the nuclei. This means that the default " +"automated thresholding method calculated a threshold value that is too low. " +"We can correct this with a change in the thresholding method used. Since we " +"are in Test Mode, we can easily adjust the module settings and quickly " +"preview the results." +msgstr "" +"في هذه الحالة، كما هو موضح في الشكل 3، يمكنك ملاحظة أن الخطوط الخارجية تغطي " +"مساحة كبيرة جدًا من الخلفية المحيطة بالنوى. هذا يعني أن طريقة تحديد العتبة " +"التلقائية الافتراضية قد حسبت قيمة عتبة منخفضة جدًا. يمكننا تصحيح ذلك بتغيير " +"طريقة تحديد العتبة المستخدمة. وبما أننا في وضع الاختبار، يمكننا بسهولة ضبط " +"إعدادات الوحدة ومعاينة النتائج بسرعة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:241 +msgid "" +"Objects outlined in pink are outside the \"Typical diameter\" pixel range " +"specified in the pipeline. Use the \"Measure Length\" tool from the top " +"toolbar to determine if the size range specified is correct given the size " +"of your objects." +msgstr "" +"العناصر المحددة باللون الوردي تقع خارج نطاق البكسل \"القطر النموذجي\" المحدد" +" في مسار المعالجة. استخدم أداة \"قياس الطول\" من شريط الأدوات " +"العلوي لتحديد ما إذا كان نطاق الحجم المحدد صحيحًا بالنظر إلى حجم العناصر " +"لديك." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:246 +msgid "" +"We can figure out why the thresholding method is overly lenient by looking " +"closer at the original image." +msgstr "" +"يمكننا معرفة سبب كون طريقة تحديد العتبة متساهلة للغاية من خلال إلقاء نظرة " +"فاحصة على الصورة الأصلية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:249 +msgid "" +"Right-click on the “Input image, cycle #” panel in the " +"IdentifyPrimaryObjects display window and select “Adjust Contrast” and then " +"choose “Log normalized” from the drop-down list. You can adjust " +"\"Normalization Factor\" and \"Maximum Brightness\", and select \"Apply to " +"all\" to apply the setting to all panels in the display window. " +"\"Normalization Factor\", log-transform the image intensity such that the " +"contrast between low pixel intensities is enhanced and that between high " +"pixel intensities is reduced." +msgstr "" +"انقر بزر الماوس الأيمن على لوحة \"صورة الإدخال، رقم الدورة\" في نافذة عرض " +"\"تحديد الكائنات الأساسية\"، ثم اختر \"ضبط التباين\"، ثم اختر \"تطبيع " +"لوغاريتمي\" من القائمة المنسدلة. يمكنك ضبط \"عامل التطبيع\" و\"السطوع " +"الأقصى\"، ثم اختر \"تطبيق على الكل\" لتطبيق الإعداد على جميع اللوحات في " +"نافذة العرض. يقوم \"عامل التطبيع\" بتحويل شدة الصورة لوغاريتميًا بحيث يتم " +"تحسين التباين بين شدة البكسلات المنخفضة وتقليل التباين بين شدة البكسلات " +"العالية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:258 +msgid "" +"Most thresholding methods assume that there are two intensity distributions " +"present in the image, one of which is categorized as foreground and the " +"other as background; the objective is then to find a single value that " +"separates them. There are different methods to calculate this intensity " +"threshold automatically. In order to learn more about these methods, click " +"on the question mark icon to the right of the \"Thresholding method\" to " +"open the CellProfiler help." +msgstr "" +"تعتمد معظم طرق تحديد العتبة على وجود توزيعين للكثافة في الصورة، أحدهما يُصنف" +" كخلفية والآخر كخلفية؛ والهدف هو إيجاد قيمة واحدة تفصل بينهما. توجد طرق " +"مختلفة لحساب عتبة الكثافة هذه تلقائيًا. لمعرفة المزيد عن هذه الطرق، انقر على" +" أيقونة علامة الاستفهام الموجودة على يمين \"طريقة تحديد العتبة\" لفتح " +"تعليمات CellProfiler." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:266 +msgid "" +"You'll note that the Translocation_start pipeline uses the Robust background" +" method initially. This method can be helpful if the majority of the image " +"is background. In this example, however, the nuclei cover a large percentage" +" of the image and Robust Background method is not the optimal choice. We " +"recommend selecting the Otsu method instead." +msgstr "" +"ستلاحظ أن مسار Translocation_start يستخدم طريقة الخلفية القوية مبدئيًا. قد " +"تكون هذه الطريقة مفيدة إذا كانت معظم الصورة عبارة عن خلفية. ولكن في هذا " +"المثال، تغطي النوى نسبة كبيرة من الصورة، وبالتالي فإن طريقة الخلفية القوية " +"ليست الخيار الأمثل. نوصي باختيار طريقة Otsu بدلاً من ذلك." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:272 +msgid "" +"Now, examine your original image again. In this image, there appear to be " +"instead three classes of staining intensity: the bright nuclei (high " +"intensity), not very bright nuclei (medium intensity), and the actual " +"background (low intensity). An alternative thresholding method would need to" +" take these intensity gradations into account in order to improve the nuclei" +" detection." +msgstr "" +"الآن، تفحص صورتك الأصلية مرة أخرى. في هذه الصورة، يبدو أن هناك ثلاث فئات من " +"شدة التلوين: النوى الساطعة (شدة عالية)، والنوى غير الساطعة (شدة متوسطة)، " +"والخلفية الفعلية (شدة منخفضة). يتطلب استخدام طريقة عتبة بديلة مراعاة هذه " +"التدرجات في الشدة لتحسين كشف النوى." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:279 +msgid "" +"Click the **IdentifyPrimaryObjects** setting labeled “Two-class or three-" +"class thresholding?” and select “Three classes.”" +msgstr "" +"انقر فوق إعداد **IdentifyPrimaryObjects** المسمى \"تحديد العتبة من فئتين أو " +"ثلاث فئات؟\" وحدد \"ثلاث فئات\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:282 +msgid "" +"Click the button " +"again to see the result from your new settings." +msgstr "" +"انقر على زر مرة أخرى " +"لرؤية النتيجة من إعداداتك الجديدة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:284 +msgid "Adjust the \"Threshold correction factor\" to 1." +msgstr "اضبط \"عامل تصحيح العتبة\" على 1." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:286 +msgid "" +"This thresholding approach takes the medium-intensity pixels and assigns " +"them as foreground pixels, leaving only the lowest intensity pixels as " +"background. The identified outlines should now better match the actual " +"nuclei boundaries." +msgstr "" +"تعتمد هذه الطريقة في تحديد العتبة على اعتبار البكسلات متوسطة الكثافة بكسلات " +"أمامية، بينما تُترك البكسلات الأقل كثافة فقط كبكسلات خلفية. وبذلك، من " +"المفترض أن تتطابق الخطوط الخارجية المحددة بشكل أفضل مع حدود النوى الفعلية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:291 +msgid "" +"4. **Identifying the cell body as a “secondary object” that you will " +"analyze**" +msgstr "4. **تحديد جسم الخلية باعتباره \"كائنًا ثانويًا\" ستقوم بتحليله**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:293 +msgid "" +"Now that you have confirmed, by eye, that the settings we provided you in " +"this exercise do allow for identification and segmentation of the nuclei, " +"you can now find the entire cell using **IdentifySecondaryObjects** module." +msgstr "" +"الآن بعد أن تأكدت، بالعين المجردة، من أن الإعدادات التي قدمناها لك في هذا " +"التمرين تسمح بتحديد وتقسيم النوى، يمكنك الآن العثور على الخلية بأكملها " +"باستخدام وحدة **IdentifySecondaryObjects**." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:298 +msgid "" +"Click on the " +"button and add the module *IdentifySecondaryObjects*, which is located under" +" the module category *“Object Processing”.* Add it to the pipeline by " +"clicking the button." +msgstr "" +"انقر على زر وأضف" +" الوحدة *IdentifySecondaryObjects*، الموجودة ضمن فئة الوحدات *“معالجة " +"الكائنات”.* أضفها إلى مسار العمل بالنقر على زر ." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:302 +msgid "" +"For the “Select the input image” module setting, select “rawGFP” from the " +"drop-down list." +msgstr "" +"بالنسبة لإعداد وحدة \"تحديد صورة الإدخال\"، حدد \"rawGFP\" من القائمة " +"المنسدلة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:305 +msgid "" +"For the “Select input objects” setting, select “Nuclei” from the drop-down " +"list." +msgstr "بالنسبة لإعداد \"تحديد كائنات الإدخال\"، حدد \"النوى\" من القائمة المنسدلة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:308 +msgid "" +"For the “Name the objects to be identified” setting, enter “Cells” as a " +"descriptive name for the secondary objects." +msgstr "" +"بالنسبة لإعداد \"تسمية الكائنات المراد تحديدها\"، أدخل \"الخلايا\" كاسم وصفي" +" للكائنات الثانوية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:311 +msgid "" +"Click the drop-down box next to “Threshold strategy” and select “Global.” " +"Then, click the drop-down next to “Thresholding method to select “Otsu”." +msgstr "" +"انقر فوق مربع القائمة المنسدلة بجوار \"استراتيجية العتبة\" وحدد \"عام\". ثم " +"انقر فوق القائمة المنسدلة بجوار \"طريقة تحديد العتبة\" لتحديد \"أوتسو\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:315 +msgid "" +"Click the setting labeled “Two-class or three-class thresholding?” and " +"change it from “Two classes” to “Three classes.” Change the setting “Assign " +"pixels…” that subsequently appears underneath to “Foreground”" +msgstr "" +"انقر على الإعداد المسمى \"تحديد العتبة بفئتين أو ثلاث فئات؟\" وقم بتغييره من" +" \"فئتين\" إلى \"ثلاث فئات\". ثم غيّر الإعداد \"تعيين البكسلات...\" الذي " +"يظهر أسفله إلى \"اللون الأمامي\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:320 +msgid "" +"Click on the button " +"to execute the module and see the results of secondary object identification" +" using the module settings (Fig. 4)." +msgstr "" +"انقر على زر لتشغيل " +"الوحدة النمطية ورؤية نتائج تحديد الكائن الثانوي باستخدام إعدادات الوحدة " +"النمطية (الشكل 4)." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:322 +msgid "" +"By default, secondary objects are identified with the Propagation method, " +"which defines cell boundaries by “growing” outwards from the primary " +"objects, i.e. the nuclei, and taking into account both the distance from the" +" nearest primary object, and the local intensity in the GFP image." +msgstr "" +"بشكل افتراضي، يتم تحديد الكائنات الثانوية باستخدام طريقة الانتشار، التي تحدد" +" حدود الخلية عن طريق \"النمو\" للخارج من الكائنات الأولية، أي النوى، مع " +"مراعاة كل من المسافة من أقرب كائن أولي، والشدة المحلية في صورة GFP." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:327 +msgid "" +"Note that the pink and green outlines do not have the same meaning as in the" +" *IdentifyPrimaryObjects* display window. In *IdentifySecondaryObjects*, the" +" pink outlines indicate the secondary object boundaries and the green " +"outlines indicate the primary object boundaries." +msgstr "" +"لاحظ أن الخطوط الوردية والخضراء لا تحمل نفس المعنى كما في نافذة عرض " +"*IdentifyPrimaryObjects*. في *IdentifySecondaryObjects*، تشير الخطوط الوردية" +" إلى حدود الكائنات الثانوية، بينما تشير الخطوط الخضراء إلى حدود الكائنات " +"الأساسية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:337 +msgid "*Figure 4: Example module display window for IdentifySecondaryObjects*" +msgstr "" +"*الشكل 4: مثال على نافذة عرض الوحدة النمطية لـ IdentifySecondaryObjects*" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:340 +msgid "" +"In contrast to the DNA stain in **IdentifyPrimaryObjects**, the middle " +"intensity levels associated with the dim cells are assigned as foreground " +"pixels, so that the secondary objects captures both the dim and bright " +"cells." +msgstr "" +"على عكس صبغة الحمض النووي في **IdentifyPrimaryObjects**، يتم تعيين مستويات " +"الكثافة المتوسطة المرتبطة بالخلايا الخافتة كبكسلات أمامية، بحيث تلتقط " +"الكائنات الثانوية كلاً من الخلايا الخافتة والساطعة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:345 +msgid "" +"However, for this assay, we may prefer to use a segmentation method that " +"reflects the actual cell boundaries and is not dependent on an intensity " +"that varies from treatment to treatment. We will take a look at the " +"Distance-N method which expands outward from the nucleus a fixed number of " +"pixels without regard to the underlying fluorescence." +msgstr "" +"مع ذلك، في هذا التحليل، قد نفضل استخدام طريقة تجزئة تعكس حدود الخلية الفعلية" +" ولا تعتمد على شدة تتغير من علاج لآخر. سنلقي نظرة على طريقة Distance-N التي " +"تتوسع للخارج من النواة عددًا ثابتًا من البكسلات دون مراعاة الفلورة الأساسية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:351 +msgid "" +"Change the “Select method…” setting from “Propagation” to “Distance-N.”" +msgstr "قم بتغيير إعداد \"تحديد الطريقة...\" من \"الانتشار\" إلى \"المسافة-N\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:353 +msgid "" +"Change the setting “Number of pixels by which to expand…” that appears " +"underneath to 10 pixels." +msgstr "" +"قم بتغيير الإعداد \"عدد البكسلات التي يتم التوسيع بها...\" الذي يظهر في " +"الأسفل إلى 10 بكسلات." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:355 +msgid "" +"Click the button to " +"see the result from your new settings." +msgstr "" +"انقر فوق الزر لرؤية " +"النتيجة من إعداداتك الجديدة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:357 +msgid "5. **Identifying the cytoplasm as a “tertiary object”**" +msgstr "5. **تحديد السيتوبلازم باعتباره \"جسمًا ثانويًا\"**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:359 +msgid "" +"Once we have identified the nucleus and the cell body, these two objects can" +" be used to define the cell cytoplasm as the region outside the nucleus, but" +" within the cell boundary. We will use the **IdentifyTertiaryObjects** " +"module which will take the smaller identified objects and “subtract” (or " +"remove) them from the larger identified objects, effectively identifying the" +" cytoplasm." +msgstr "" +"بعد تحديد النواة وجسم الخلية، يمكن استخدام هذين العنصرين لتحديد سيتوبلازم " +"الخلية باعتباره المنطقة الواقعة خارج النواة، ولكن داخل حدود الخلية. سنستخدم " +"وحدة **IdentifyTertiaryObjects** التي ستأخذ العناصر الأصغر المحددة وتطرحها " +"(أو تزيلها) من العناصر الأكبر المحددة، مما يُحدد السيتوبلازم بشكل فعال." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:366 +msgid "" +"Click on the " +"button and add the module **IdentifyTertiaryObjects** located under the " +"module category *“Object Processing”.* Add it to the pipeline by clicking " +"the button." +msgstr "" +"انقر على زر وأضف" +" الوحدة النمطية **IdentifyTertiaryObjects** الموجودة ضمن فئة الوحدات النمطية" +" *“معالجة الكائنات”.* أضفها إلى مسار العمل بالنقر على زر ." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:369 +msgid "" +"In this module, for the “Select the larger identified objects” module " +"setting, select “Cells” from the drop-down list." +msgstr "" +"في هذه الوحدة، بالنسبة لإعداد الوحدة \"تحديد الكائنات الأكبر حجماً\"، حدد " +"\"الخلايا\" من القائمة المنسدلة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:370 +msgid "" +"For the “Select the smaller identified objects” setting, select “Nuclei” " +"from the drop-down list." +msgstr "" +"بالنسبة لإعداد \"تحديد الكائنات المحددة الأصغر\"، حدد \"النوى\" من القائمة " +"المنسدلة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:372 +msgid "" +"For the “Name the tertiary objects to be identified” setting, enter " +"“Cytoplasm” as a descriptive name for the tertiary objects." +msgstr "" +"بالنسبة لإعداد \"تسمية الكائنات الثالثية المراد تحديدها\"، أدخل " +"\"السيتوبلازم\" كاسم وصفي للكائنات الثالثية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:374 +msgid "" +"Enable the ‘Shrink smaller object prior to subtraction?’ option; this will " +"ensure that all of your Cytoplasm objects have an area of at least 1 pixel." +msgstr "" +"قم بتمكين خيار \"تقليص حجم الكائن الأصغر قبل الطرح؟\"؛ سيضمن ذلك أن جميع " +"كائنات السيتوبلازم لديك لها مساحة لا تقل عن بكسل واحد." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:377 +msgid "" +"Click the button to " +"execute the module, and preview the results of tertiary object " +"identification (Fig. 5)." +msgstr "" +"انقر فوق الزر لتشغيل " +"الوحدة النمطية، ومعاينة نتائج تحديد الكائن الثالثي (الشكل 5)." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:383 +msgid "*Figure 5: Example module display window for IdentifyTertiaryObjects*" +msgstr "" +"*الشكل 5: مثال على نافذة عرض الوحدة النمطية لـ IdentifyTertiaryObjects*" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:386 +msgid "" +"6. **Measuring the cells’ characteristics (i.e. the “object features”)**" +msgstr "6. **قياس خصائص الخلايا (أي \"سمات الكائن\")**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:388 +msgid "" +"Now that the objects have been identified using settings that have been " +"optimized for the phenotypes of interest, the next step is to make " +"measurements of the various cellular features. Later, we will be using " +"CellProfiler Analyst to classify the cells into phenotypes, based on whether" +" they contain cytoplasmic or nuclear FOXO1A-GFP using the measurements " +"collected here. The important point is to collect measurements that would be" +" useful for distinguishing one phenotype from the other." +msgstr "" +"بعد تحديد الكائنات باستخدام إعدادات مُحسَّنة للأنماط الظاهرية محل الاهتمام، " +"تتمثل الخطوة التالية في قياس مختلف الخصائص الخلوية. لاحقًا، سنستخدم برنامج " +"CellProfiler Analyst لتصنيف الخلايا إلى أنماط ظاهرية، بناءً على احتوائها على" +" بروتين FOXO1A-GFP في السيتوبلازم أو النواة، وذلك باستخدام القياسات التي " +"جُمعت هنا. والأهم هو جمع قياسات تُساعد في التمييز بين الأنماط الظاهرية " +"المختلفة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:397 +msgid "" +"CellProfiler has the ability to measure many cellular characteristics, and " +"what we could do in this exercise, is ask it to measure all of them, and " +"then let the classification tool decide which features are most useful. In " +"this exercise, however, we will use three of the possible measurements." +msgstr "" +"يتمتع برنامج CellProfiler بالقدرة على قياس العديد من خصائص الخلايا، ويمكننا " +"في هذا التمرين أن نطلب منه قياسها جميعًا، ثم نترك لأداة التصنيف تحديد " +"الخصائص الأكثر فائدة. مع ذلك، سنستخدم في هذا التمرين ثلاثة من القياسات " +"المتاحة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:403 +msgid "**Measurement of pixel intensity of GFP in nuclei and cytoplasm:**" +msgstr "**قياس شدة بكسل البروتين الأخضر الفلوري في النوى والسيتوبلازم:**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:404 +msgid "" +"One example of a particularly useful measurement is the pixel intensities of" +" the various objects (i.e. nuclei and cytoplasm) as measured from the images" +" showing the subcellular location of the FOXO1A-GFP fluorescence." +msgstr "" +"ومن الأمثلة على القياس المفيد بشكل خاص شدة البكسل للأجسام المختلفة (أي النوى" +" والسيتوبلازم) كما تم قياسها من الصور التي توضح الموقع تحت الخلوي لتألق " +"FOXO1A-GFP." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:408 +msgid "" +"Click on the " +"button and add the module *MeasureObjectIntensity* located under the module " +"category *“Measurement”.* Add it to the pipeline by clicking the button." +msgstr "" +"انقر على زر وأضف " +"الوحدة *MeasureObjectIntensity* الموجودة ضمن فئة الوحدات *“Measurement”.* " +"أضفها إلى مسار العمل بالنقر على زر ." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:411 +msgid "" +"In this module, select “rawGFP” in the \"Select images to measure\" box, by " +"checking the box next to it." +msgstr "" +"في هذه الوحدة، حدد \"rawGFP\" في مربع \"تحديد الصور المراد قياسها\"، وذلك " +"بتحديد المربع المجاور له." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:413 +msgid "Select “Nuclei” and \"Cytoplasm\" from the \"Select objects to measure\" box." +msgstr "حدد \"النوى\" و \"السيتوبلازم\" من مربع \"تحديد الكائنات المراد قياسها\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:415 +msgid "**Measurement of the correlation of GFP in nuclei to DNA in nuclei:**" +msgstr "" +"**قياس مدى ارتباط البروتين الفلوري الأخضر (GFP) في النوى بالحمض النووي (DNA)" +" في النوى:**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:416 +msgid "" +"Another potentially useful measure is the correlation within the objects of " +"the pixel intensities in the GFP and DNA channels. If the FOXO1A-GFP protein" +" is not translocated, the intensity correlation within the nucleus between " +"the two images would be expected to be negative, whereas upon translocation," +" the correlation would be positive." +msgstr "" +"من المقاييس الأخرى التي قد تكون مفيدة، الارتباط بين شدة البكسلات في قناتي " +"GFP وDNA داخل الأجسام. فإذا لم ينتقل بروتين FOXO1A-GFP، فمن المتوقع أن يكون " +"ارتباط الشدة داخل النواة بين الصورتين سالبًا، بينما يكون موجبًا عند انتقاله." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:422 +msgid "" +"Click on the " +"button and add the module **MeasureColocalization** located under the module" +" category *“Measurement”.* Add it to the pipeline by clicking the button." +msgstr "" +"انقر على زر وأضف " +"الوحدة **MeasureColocalization** الموجودة ضمن فئة الوحدات *“Measurement”.* " +"أضفها إلى مسار العمل بالنقر على زر ." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:425 +msgid "" +"In this module, select “rawGFP” and “rawDNA” from the \"Select images to " +"measure\" box. Leave the \"Set threshold as percentage of maximum intensity " +"for the images\" to the default value of 15.0." +msgstr "" +"في هذه الوحدة، حدد \"rawGFP\" و\"rawDNA\" من مربع \"تحديد الصور المراد " +"قياسها\". اترك \"تعيين العتبة كنسبة مئوية من الحد الأقصى لشدة الصور\" على " +"القيمة الافتراضية 15.0." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:428 +msgid "" +"For the “Select where to measure correlation” setting, select “Within " +"objects” and then select “Nuclei” and \"Cytoplasm\" from the “Select objects" +" to measure” box." +msgstr "" +"بالنسبة لإعداد \"تحديد مكان قياس الارتباط\"، حدد \"داخل الكائنات\" ثم حدد " +"\"النوى\" و \"السيتوبلازم\" من مربع \"تحديد الكائنات المراد قياسها\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:431 +msgid "" +"For \"Method for Costes thresholding\", choose *\"Faster\"* from the drop-" +"down list to reduce analysis time." +msgstr "" +"بالنسبة إلى \"طريقة تحديد عتبة التكاليف\"، اختر *\"أسرع\"* من القائمة " +"المنسدلة لتقليل وقت التحليل." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:434 +msgid "" +"**Measurement of the ratio of GFP in cytoplasm to GFP in nuclei:** Since" +msgstr "" +"**قياس نسبة البروتين الفلوري الأخضر في السيتوبلازم إلى البروتين الفلوري " +"الأخضر في النواة:** بما أن" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:435 +msgid "" +"we are interested in the transportation of GFP from the cytoplasm to the " +"nucleus, it would be useful to measure the ratio of cytoplasmic stain to " +"nuclear stain. In this case, we will use the **CalculateMath** module " +"because it performs arithmetic operations between various object " +"measurements." +msgstr "" +"نهتم بدراسة انتقال بروتين GFP من السيتوبلازم إلى النواة، وسيكون من المفيد " +"قياس نسبة الصبغة السيتوبلازمية إلى الصبغة النووية. في هذه الحالة، سنستخدم " +"وحدة **CalculateMath** لأنها تُجري عمليات حسابية بين قياسات الأجسام " +"المختلفة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:441 +msgid "" +"Click on the " +"button and add the module **CalculateMath** located under the *“Data Tools”*" +" module category*.* Add it to the pipeline by clicking the button." +msgstr "" +"انقر على زر وأضف" +" الوحدة **CalculateMath** الموجودة ضمن فئة الوحدات *“Data Tools”*. أضفها إلى" +" مسار البيانات بالنقر على زر ." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:445 +msgid "" +"For the “Name the output measurement,” enter the “IntensityRatio” as a " +"descriptive name." +msgstr "بالنسبة لـ \"تسمية قياس الإخراج\"، أدخل \"نسبة الشدة\" كاسم وصفي." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:448 +msgid "" +"Since we calculating a ratio of two measures, select “Divide” from the drop-" +"down for the “Operation” setting." +msgstr "" +"بما أننا نحسب نسبة قياسين، فاختر \"قسمة\" من القائمة المنسدلة لإعداد " +"\"العملية\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:451 +msgid "For the numerator measurement:" +msgstr "لقياس البسط:" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:453 +msgid "" +"Select “Object” for the “Select the numerator type,” and select “Nuclei” " +"from the drop-down for the “Select the numerator objects.”" +msgstr "" +"حدد \"كائن\" لـ \"تحديد نوع البسط\"، وحدد \"النوى\" من القائمة المنسدلة لـ " +"\"تحديد كائنات البسط\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:456 +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:467 +msgid "" +"Select “Intensity” from the drop-down for the “Select the numerator " +"measurement” category. A “Measurement” drop-down box will subsequently " +"appear underneath." +msgstr "" +"اختر \"الشدة\" من القائمة المنسدلة لفئة \"تحديد قياس البسط\". سيظهر مربع " +"قائمة منسدلة \"القياس\" أسفلها." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:459 +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:470 +msgid "" +"Select “MeanIntensity” from the “Measurement” drop-down list. Then select " +"“rawGFP” from the “Image” drop-down that appears." +msgstr "" +"اختر \"MeanIntensity\" من القائمة المنسدلة \"Measurement\". ثم اختر " +"\"rawGFP\" من القائمة المنسدلة \"Image\" التي تظهر." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:462 +msgid "For the denominator measurement:" +msgstr "لقياس المقام:" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:464 +msgid "" +"Select “Object” for the “Select the numerator type,” and select “Cytoplasm” " +"from the drop-down for the “Select the numerator objects.”" +msgstr "" +"حدد \"كائن\" لـ \"تحديد نوع البسط\"، وحدد \"السيتوبلازم\" من القائمة " +"المنسدلة لـ \"تحديد كائنات البسط\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:473 +msgid "" +"7. **Creating an image with your cell and nuclear outlines on it " +"(optional)**" +msgstr "7. **إنشاء صورة تتضمن مخططات الخلية والنواة (اختياري)**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:475 +msgid "" +"It’s often nice to create an image showing the segmentation of your objects " +"so that you can refer back to it later; in addition to the ability to " +"quickly scan all the output images to make sure your segmentation was " +"successful, you can re-check them later in case you have questions about an " +"unusual result." +msgstr "" +"من الجيد غالبًا إنشاء صورة توضح تجزئة الكائنات الخاصة بك حتى تتمكن من الرجوع" +" إليها لاحقًا؛ بالإضافة إلى القدرة على فحص جميع صور الإخراج بسرعة للتأكد من " +"نجاح عملية التجزئة، يمكنك إعادة فحصها لاحقًا في حالة وجود أسئلة حول نتيجة " +"غير عادية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:481 +msgid "**Creation of a color image to display the segmentation:**" +msgstr "**إنشاء صورة ملونة لعرض التجزئة:**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:483 +msgid "" +"Click on the " +"button and add the module **GrayToColor** located under the *“Image " +"Processing”* module category*.* Add it to the pipeline by clicking the button." +msgstr "" +"انقر على زر وأضف" +" الوحدة النمطية **GrayToColor** الموجودة ضمن فئة الوحدات النمطية *“معالجة " +"الصور”*. أضفها إلى مسار العمل بالنقر على زر ." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:487 +msgid "For the “Select a color scheme”, leave the setting at “RGB”." +msgstr "بالنسبة لخيار \"تحديد نظام الألوان\"، اترك الإعداد على \"RGB\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:489 +msgid "For the channels" +msgstr "للقنوات" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:491 +msgid "“Set the image to be colored red” set to “Leave this black”." +msgstr "\"اضبط لون الصورة باللون الأحمر\" على \"اترك هذا باللون الأسود\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:492 +msgid "“Set the image to be colored green” set to “rawGFP”." +msgstr "\"ضبط لون الصورة باللون الأخضر\" مضبوط على \"rawGFP\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:493 +msgid "“Set the image to be colored blue” set to “rawDNA”." +msgstr "\"ضبط لون الصورة باللون الأزرق\" مضبوط على \"rawDNA\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:495 +msgid "“Name the output image” can be set to “GFPandDNA” ." +msgstr "يمكن ضبط \"اسم صورة الإخراج\" على \"GFPandDNA\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:497 +msgid "“Relative weight”s for each of the channels can be left at 1." +msgstr "يمكن ترك \"الوزن النسبي\" لكل قناة عند 1." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:499 +msgid "**Overlaying the outlines onto the color image:**" +msgstr "**وضع الخطوط الخارجية فوق الصورة الملونة:**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:500 +msgid "" +"This module will overlay the outlines of your identified objects onto the " +"color image. You may choose whatever color you like to show the outlines, " +"but you may find it easiest to use something that contrasts with your color " +"image. You may also overlay outlines on a grayscale image; if you have many " +"types of objects and/or more than 3 channels it is often easier to overlay " +"the objects for each channel onto that channel’s grayscale image and simply " +"view them one at a time." +msgstr "" +"ستقوم هذه الوحدة بتراكب الخطوط الخارجية للأجسام التي حددتها على الصورة " +"الملونة. يمكنك اختيار أي لون ترغب به لعرض الخطوط الخارجية، ولكن قد تجد أنه " +"من الأسهل استخدام لون متباين مع الصورة الملونة. يمكنك أيضًا تراكب الخطوط " +"الخارجية على صورة رمادية؛ إذا كان لديك أنواع عديدة من الأجسام و/أو أكثر من 3" +" قنوات، فغالبًا ما يكون من الأسهل تراكب الأجسام لكل قناة على الصورة الرمادية" +" لتلك القناة وعرضها واحدة تلو الأخرى." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:503 +msgid "" +"Click on the " +"button and add the module **OverlayOutlines** located under the *“Image " +"Processing”* module category. Add it to the pipeline by clicking the button." +msgstr "" +"انقر على زر وأضف" +" وحدة **OverlayOutlines** الموجودة ضمن فئة وحدات \"معالجة الصور\". أضفها إلى" +" مسار العمل بالنقر على زر ." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:506 +msgid "“Display outlines on a blank image” should be set to “No”." +msgstr "يجب ضبط خيار \"عرض الخطوط الخارجية على صورة فارغة\" على \"لا\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:507 +msgid "" +"The “Select image on which to display outlines” should be set to the " +"“GFPandDNA” image we created in the last step." +msgstr "" +"يجب ضبط \"تحديد الصورة التي سيتم عرض الخطوط العريضة عليها\" على صورة " +"\"GFPandDNA\" التي أنشأناها في الخطوة الأخيرة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:509 +msgid "" +"“Name the output image” can be set to “CellAndNucleiOverlay” or some other " +"descriptive name." +msgstr "" +"يمكن تعيين \"اسم صورة الإخراج\" إلى \"CellAndNucleiOverlay\" أو أي اسم وصفي " +"آخر." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:511 +msgid "The “Outline display mode” dropdown menu should be left at “Color”." +msgstr "يجب ترك القائمة المنسدلة \"وضع عرض المخطط التفصيلي\" على \"اللون\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:512 +msgid "“How to outline” can be left at the default (Inner)." +msgstr "يمكن ترك خيار \"كيفية وضع مخطط تفصيلي\" على الوضع الافتراضي (داخلي)." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:513 +msgid "" +"For “Select objects to display” select “Nuclei” from the dropdown menu." +msgstr "" +"بالنسبة لـ \"تحديد الكائنات المراد عرضها\"، حدد \"النوى\" من القائمة " +"المنسدلة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:515 +msgid "" +"“Select outline color” can be left as red or set to some other contrasting " +"color." +msgstr "" +"يمكن ترك خيار \"تحديد لون الإطار\" باللون الأحمر أو تعيينه إلى لون آخر " +"متباين." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:517 +msgid "" +"Click the “Add another outline” button, then repeat the previous 3 steps for" +" “Cells”; you should select a different color for the outlines." +msgstr "" +"انقر فوق زر \"إضافة مخطط تفصيلي آخر\"، ثم كرر الخطوات الثلاث السابقة لـ " +"\"الخلايا\"؛ يجب عليك تحديد لون مختلف للمخططات التفصيلية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:521 +msgid "**Saving the overlay image:**" +msgstr "**حفظ الصورة المضافة:**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:522 +msgid "" +"The **SaveImages** module can be used to either save images generated in any" +" step of the pipeline or masks of the objects created. Here we will save the" +" images to the DefaultOutput folder, but you can specify any other location," +" and additionally create subfolders based on the extracted metadata if you " +"like." +msgstr "" +"يمكن استخدام وحدة **SaveImages** لحفظ الصور المُنشأة في أي خطوة من خطوات " +"المعالجة، أو لحفظ أقنعة الكائنات المُنشأة. سنحفظ الصور هنا في مجلد " +"DefaultOutput، ولكن يمكنك تحديد أي موقع آخر، كما يمكنك إنشاء مجلدات فرعية " +"بناءً على البيانات الوصفية المُستخرجة إذا رغبت." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:524 +msgid "" +"Click on the " +"button and add the module **SaveImages** located under the *“File " +"processing”* module category*.* Add it to the pipeline by clicking the button." +msgstr "" +"انقر على زر وأضف" +" الوحدة النمطية **SaveImages** الموجودة ضمن فئة الوحدات النمطية *“معالجة " +"الملفات”*. أضفها إلى مسار العمل بالنقر على زر ." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:527 +msgid "For “Select the type of image to save”, select “Image”." +msgstr "بالنسبة إلى \"تحديد نوع الصورة المراد حفظها\"، حدد \"صورة\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:528 +msgid "" +"For “Select the image to save”, select your “CellAndNucleiOverlay” image you" +" just created." +msgstr "" +"بالنسبة إلى \"تحديد الصورة المراد حفظها\"، حدد صورة \"CellAndNucleiOverlay\"" +" التي قمت بإنشائها للتو." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:530 +msgid "" +"For “Select method for constructing file names”, keep it set at “From image " +"filename”." +msgstr "" +"بالنسبة لـ \"تحديد طريقة إنشاء أسماء الملفات\"، أبقِها مضبوطة على \"من اسم " +"ملف الصورة\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:532 +msgid "For “Select image name for file prefix”, select the “rawGFP” image." +msgstr "بالنسبة إلى \"تحديد اسم الصورة لبادئة الملف\"، حدد صورة \"rawGFP\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:533 +msgid "" +"Change the “Append a suffix to the image file name?” radio buttons to “Yes”." +msgstr "قم بتغيير أزرار الاختيار \"إضافة لاحقة إلى اسم ملف الصورة؟\" إلى \"نعم\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:535 +msgid "" +"Give the “Text to append to the image name” a descriptive name; “\\_Overlay”" +" is appropriate." +msgstr "أعطِ \"النص المراد إلحاقه باسم الصورة\" اسمًا وصفيًا؛ \"\\_Overlay\" اسم مناسب." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:537 +msgid "All the other settings may be left at their default values." +msgstr "يمكن ترك جميع الإعدادات الأخرى على قيمها الافتراضية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:539 +msgid "8. **Exporting the measurements to a database**" +msgstr "8. **تصدير القياسات إلى قاعدة بيانات**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:541 +msgid "" +"Since we will be using the data visualization and machine learning tools in " +"CellProfiler Analyst, the measurements will need to be saved to a database " +"using the **ExportToDatabase** module in order for CellProfiler Analyst to " +"access them." +msgstr "" +"بما أننا سنستخدم أدوات تصور البيانات والتعلم الآلي في CellProfiler Analyst، " +"فسيتعين حفظ القياسات في قاعدة بيانات باستخدام وحدة **ExportToDatabase** حتى " +"يتمكن CellProfiler Analyst من الوصول إليها." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:546 +msgid "" +"Click on the " +"button and add the module **ExportToDatabase** located under the module " +"category *“File Processing”.* Add it to the pipeline by clicking the button." +msgstr "" +"انقر على زر وأضف" +" الوحدة **ExportToDatabase** الموجودة ضمن فئة الوحدات *“File Processing”.* " +"أضفها إلى مسار العمل بالنقر على زر ." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:550 +msgid "" +"Note that while in Test mode, the **ExportToDatabase** module will have a " +"yellow warning sign in the pipeline panel and yellow- highlighted text in " +"the module settings. Holding the mouse over the yellow-highlighted text " +"informs the user that measurements produced in Test mode are not written to " +"the database. This is normal behavior and does not indicate an error." +msgstr "" +"لاحظ أنه أثناء وضع الاختبار، ستظهر علامة تحذير صفراء في لوحة مسار المعالجة " +"ونص مميز باللون الأصفر في إعدادات وحدة **تصدير إلى قاعدة البيانات**. عند " +"تمرير مؤشر الماوس فوق النص المميز باللون الأصفر، يُعلم المستخدم بأن القياسات" +" التي تم إنتاجها في وضع الاختبار لا تُكتب في قاعدة البيانات. هذا سلوك طبيعي " +"ولا يشير إلى وجود خطأ." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:557 +msgid "Select “Database type” as “SQLite.”" +msgstr "حدد \"نوع قاعدة البيانات\" على أنه \"SQLite\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:559 +msgid "" +"Check the box labeled “Create a CellProfiler Analyst properties file.” A " +"number of new settings will subsequently appear underneath." +msgstr "" +"حدد المربع المسمى \"إنشاء ملف خصائص محلل CellProfiler\". سيظهر عدد من " +"الإعدادات الجديدة أسفله." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:562 +msgid "For “Which objects should be used for locations?”, select “Nuclei”." +msgstr "بالنسبة لـ \"ما هي الكائنات التي يجب استخدامها للمواقع؟\"، حدد \"النوى\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:564 +msgid "For “Select the plate type”, choose “96.”" +msgstr "بالنسبة إلى \"تحديد نوع اللوحة\"، اختر \"96\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:566 +msgid "For “Select the plate metadata,” choose “Plate.”" +msgstr "بالنسبة إلى \"تحديد بيانات تعريف اللوحة\"، اختر \"لوحة\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:568 +msgid "For “Select the well metadata,” choose “Well.”" +msgstr "بالنسبة إلى \"تحديد بيانات البئر الوصفية\"، اختر \"بئر\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:570 +msgid "For “Output file location”, select “Default Output Folder”." +msgstr "بالنسبة إلى \"موقع ملف الإخراج\"، حدد \"مجلد الإخراج الافتراضي\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:572 +msgid "" +"Check the box “Write image thumbnails directly to database?” From the list-" +"box that subsequently appears, select “rawDNA” and “rawGFP”; you can make " +"multiple selections by using Ctrl-click (Windows) or Command-click (Mac). " +"Leave the rest of the settings at the default values." +msgstr "" +"فعّل خيار \"كتابة الصور المصغرة مباشرةً إلى قاعدة البيانات؟\". من القائمة " +"التي ستظهر لاحقًا، اختر \"rawDNA\" و\"rawGFP\"؛ يمكنك تحديد خيارات متعددة " +"باستخدام مفتاح Ctrl مع النقر (في نظام ويندوز) أو مفتاح Command مع النقر (في " +"نظام ماك). اترك باقي الإعدادات على قيمها الافتراضية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:578 +msgid "" +"9. **Using the optimized pipeline to automatically analyze all images " +"generated by the screening experiment**" +msgstr "" +"9. **استخدام خط الأنابيب المُحسَّن لتحليل جميع الصور الناتجة عن تجربة الفحص " +"تلقائيًا**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:580 +msgid "" +"At this point, the settings you have entered were chosen for you because " +"those settings specifically, when used with these images, result in an " +"optimized pipeline for a suitable number of images. Therefore your pipeline " +"is now ready to run on the full data set of 26 images." +msgstr "" +"في هذه المرحلة، تم اختيار الإعدادات التي أدخلتها تلقائيًا، لأنها تحديدًا، " +"عند استخدامها مع هذه الصور، تُنتج مسار معالجة مُحسَّنًا لعدد مناسب من الصور." +" لذا، أصبح مسار المعالجة جاهزًا الآن للعمل على مجموعة البيانات الكاملة " +"المكونة من 26 صورة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:585 +msgid "" +"Exit Test Mode by clicking the “Exit Test Mode” button at the bottom-left of" +" the CellProfiler interface." +msgstr "" +"يمكنك الخروج من وضع الاختبار بالنقر فوق زر \"الخروج من وضع الاختبار\" " +"الموجود أسفل يسار واجهة CellProfiler." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:588 +msgid "" +"Click the “View output settings” button at the bottom-left of the interface." +" Then, in the module settings panel, click the folder button to the right of" +" “Default Output Folder” box, and browse to select your Desktop. This " +"location is where your CellProfiler measurements will be saved." +msgstr "" +"انقر على زر \"عرض إعدادات الإخراج\" أسفل يسار الواجهة. ثم، في لوحة إعدادات " +"الوحدة، انقر على زر المجلد الموجود على يمين مربع \"مجلد الإخراج الافتراضي\"،" +" واستعرض لتحديد سطح المكتب. سيتم حفظ قياسات CellProfiler في هذا الموقع." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:594 +msgid "" +"Select the “Window” item from the menu bar and select “Hide all windows on " +"run;” the *“eyeball”* icons next to the modules will switch from open () to closed (). This display " +"indicates that the module display windows for each module will not be shown " +"as each is processed. The rationale behind this step is because the pipeline" +" is optimized, we no longer need to see the results. Additionally, the " +"analysis will be quicker this way, since CellProfiler does not have to take " +"the time to create and draw each window." +msgstr "" +"اختر \"نافذة\" من شريط القوائم، ثم اختر \"إخفاء جميع النوافذ عند التشغيل\". " +"ستتحول أيقونات \"العين\" بجوار الوحدات من مفتوحة () إلى مغلقة (). يشير هذا إلى أن " +"نوافذ عرض الوحدات لن تظهر أثناء معالجتها. والسبب وراء هذه الخطوة هو أنه " +"نظرًا لتحسين أداء خط المعالجة، لم نعد بحاجة إلى رؤية النتائج. بالإضافة إلى " +"ذلك، ستكون عملية التحليل أسرع بهذه الطريقة، حيث لن يحتاج برنامج CellProfiler" +" إلى إنشاء كل نافذة ورسمها." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:603 +msgid "" +"Save your pipeline by selecting *File > Save Project As…*, give the pipeline" +" a name and save it to your Desktop." +msgstr "" +"احفظ مسار العمل الخاص بك عن طريق تحديد *ملف > حفظ المشروع باسم...*، وقم " +"بتسمية مسار العمل واحفظه على سطح المكتب." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:606 +msgid "" +"To analyze all images, click “Analyze images” button in the lower right " +"corner of the CellProfiler interface." +msgstr "" +"لتحليل جميع الصور، انقر فوق زر \"تحليل الصور\" في الزاوية اليمنى السفلى من " +"واجهة CellProfiler." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:609 +msgid "" +"(Windows only) A Windows Security Alert box may pop up asking for network " +"access permission for CellProfiler.exe. Check the “Private networks” box, " +"then click “Allow access”." +msgstr "" +"(خاص بنظام ويندوز فقط) قد تظهر نافذة تنبيه أمني من ويندوز تطلب إذن الوصول " +"إلى الشبكة لملف CellProfiler.exe. حدد خانة \"الشبكات الخاصة\"، ثم انقر فوق " +"\"السماح بالوصول\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:613 +msgid "" +"The pipeline will run beginning with the first of 26 images. This full run " +"may take a few minutes." +msgstr "" +"ستبدأ عملية المعالجة بأول صورة من أصل 26 صورة. قد تستغرق هذه العملية الكاملة" +" بضع دقائق." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:616 +msgid "" +"Exercise II: Using the CellProfiler Analyst software to visualize the data " +"from the experiment, and classify the cells exposed to each drug condition " +"by their phenotype (FOXO1A-GFP subcellular localization)" +msgstr "" +"التمرين الثاني: استخدام برنامج CellProfiler Analyst لتصور البيانات من " +"التجربة، وتصنيف الخلايا المعرضة لكل حالة دوائية حسب نمطها الظاهري " +"(FOXO1A-GFP التموضع الخلوي الفرعي)" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:618 +msgid "" +"You can now start CellProfiler Analyst (CPA) to explore the data you have " +"extracted from the cells." +msgstr "" +"يمكنك الآن بدء تشغيل برنامج CellProfiler Analyst (CPA) لاستكشاف البيانات " +"التي استخرجتها من الخلايا." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:621 +msgid "" +"Start CellProfiler Analyst by double-clicking the icon on the desktop ." +msgstr "" +"ابدأ تشغيل برنامج CellProfiler Analyst بالنقر المزدوج على الأيقونة الموجودة " +"على سطح المكتب ." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:623 +msgid "" +"When CPA is started, it will ask to select a *properties file*. Select the " +"properties file named *DefaultDB .properties*, located in the Default Output" +" Folder. The properties file was created by the **ExportToDatabase** module " +"in your pipeline." +msgstr "" +"عند تشغيل برنامج CPA، سيطلب منك تحديد ملف خصائص. حدد ملف الخصائص المسمى " +"*DefaultDB.properties*، الموجود في مجلد الإخراج الافتراضي. تم إنشاء ملف " +"الخصائص هذا بواسطة وحدة **ExportToDatabase** في مسار البيانات الخاص بك." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:628 +msgid "" +"This file is a text file that contains the settings necessary for CPA to " +"connect to the database that CellProfiler generated." +msgstr "" +"هذا الملف عبارة عن ملف نصي يحتوي على الإعدادات اللازمة لكي يتصل برنامج CPA " +"بقاعدة البيانات التي أنشأها برنامج CellProfiler." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:630 +msgid "" +"As a reminder, this database currently contains the measurement data " +"obtained from all 26 images, and pointers to the location of those images on" +" your hard drive." +msgstr "" +"للتذكير، تحتوي قاعدة البيانات هذه حاليًا على بيانات القياس التي تم الحصول " +"عليها من جميع الصور الـ 26، ومؤشرات إلى موقع تلك الصور على القرص الصلب الخاص" +" بك." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:633 +msgid "" +"If you move the database file, you'll need to edit the properties file to " +"point to the new database location." +msgstr "" +"إذا قمت بنقل ملف قاعدة البيانات، فستحتاج إلى تعديل ملف الخصائص للإشارة إلى " +"موقع قاعدة البيانات الجديد." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:636 +msgid "1. **Visualizing the measurements in a 96-well plate layout view**" +msgstr "1. **تصور القياسات في عرض تخطيط لوحة 96 بئراً**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:638 +msgid "" +"CPA has several tools available for displaying the data for exploration. If " +"your data came from a multi-well plate, such as the 96-well plate for this " +"particular translocation assay, then one of the most useful data " +"visualization tools available is the plate layout format." +msgstr "" +"يُوفر برنامج CPA العديد من الأدوات لعرض البيانات واستكشافها. إذا كانت " +"بياناتك مُستقاة من لوحة متعددة الآبار، مثل لوحة 96 بئراً المستخدمة في هذا " +"التحليل الانتقالي، فإنّ أحد أكثر أدوات عرض البيانات فائدةً هو تنسيق تخطيط " +"اللوحة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:643 +msgid "" +"Click on the Plate Viewer icon in the main CPA window (, 3rd from the left). " +"This selection brings up a 96-well formatted display of the plate from which" +" your images originated. The colored squares represent wells for which " +"measurement data is present; crossed-out wells indicate wells with no " +"measurements. Notice that 26 out of the 96 wells have data associated with " +"them. Mouse over a few of the wells to see a “tool-tip” box appear, which " +"states the actual per-well value." +msgstr "" +"انقر على أيقونة عارض اللوحة في نافذة CPA الرئيسية (، الثالثة من اليسار). " +"سيؤدي هذا إلى عرض لوحة مُنسقة بـ 96 بئرًا، وهي اللوحة التي أُخذت منها صورك. " +"تُمثل المربعات الملونة الآبار التي تتوفر لها بيانات قياس، بينما تُشير الآبار" +" المشطوبة إلى الآبار التي لا تتوفر لها بيانات قياس. لاحظ أن 26 بئرًا من أصل " +"96 بئرًا تحتوي على بيانات. مرر مؤشر الماوس فوق بعض الآبار لعرض مربع تلميح " +"يُوضح القيمة الفعلية لكل بئر." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:652 +msgid "" +"The initial color coding represents the image index, a bookkeeping " +"measurement which is not relevant for the level of analysis that we are " +"doing in this exercise. Under the *Measurements* drop-down list, choose " +"*“Image_Metadata_Dose”* from the list, in order to visualize the drug " +"concentrations added to each well. In particular, take note of the " +"following:" +msgstr "" +"يمثل الترميز اللوني الأولي فهرس الصورة، وهو قياس محاسبي غير ذي صلة بمستوى " +"التحليل الذي نجريه في هذه التجربة. من القائمة المنسدلة *القياسات*، اختر " +"*\"Image_Metadata_Dose\"* لعرض تركيزات الدواء المضافة إلى كل بئر. انتبه " +"جيدًا لما يلي:" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:659 +msgid "" +"Column 1, rows A-D, column 12, rows E-H and well E02: Negative controls, " +"i.e., no drug added" +msgstr "" +"العمود 1، الصفوف من أ إلى د، العمود 12، الصفوف من هـ إلى ح، والبئر E02: " +"ضوابط سلبية، أي بدون إضافة دواء" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:661 +msgid "" +"Column 1, rows E-H and column 12, rows A-D: Positive controls, i.e., 150 nM " +"Wortmannin" +msgstr "" +"العمود 1، الصفوف من E إلى H والعمود 12، الصفوف من A إلى D: عناصر تحكم موجبة،" +" أي 150 نانومول من وورتمنين" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:663 +msgid "" +"Row E, columns 2-11: Nine doses of 2-fold dilutions of Wortmannin, " +"increasing from left to right." +msgstr "" +"الصف E، الأعمدة 2-11: تسع جرعات من تخفيفات مضاعفة من وورتمنين، تزداد من " +"اليسار إلى اليمين." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:671 +msgid "" +"*Figure 6: The Plate Viewer visualization tool illustrating the drug dosages" +" applied to the plate.*" +msgstr "*الشكل 6: أداة عرض اللوحة التي توضح جرعات الدواء المطبقة على اللوحة.*" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:675 +msgid "" +"Select “*Image_Count_Nuclei”* from the *Measurement* drop-down to show the " +"nuclei count for each image." +msgstr "" +"حدد \"*Image_Count_Nuclei\"* من القائمة المنسدلة *Measurement* لعرض عدد " +"النوى لكل صورة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:677 +msgid "" +"Per-object measurements can also be displayed using this tool. Select “Per-" +"object” as the Data Source, and “*Cytoplasm_Math_IntensityRatio”* as the " +"Measurement. Since each well can display only one value, but there are " +"multiple objects per well, the Plate Viewer displays an aggregate statistic " +"of the per-object measurements for each well. (Note that you can change the " +"statistic used, at this step, by selecting it from the “Aggregation method” " +"drop-down in the “Data aggregation” panel.)" +msgstr "" +"يمكن أيضًا عرض القياسات لكل عنصر باستخدام هذه الأداة. حدد \"لكل عنصر\" كمصدر" +" للبيانات، و\"نسبة شدة السيتوبلازم\" كقياس. بما أن كل بئر يعرض قيمة واحدة " +"فقط، ولكن يوجد عدة عناصر في كل بئر، فإن عارض اللوحة يعرض إحصائية إجمالية " +"للقياسات لكل عنصر في كل بئر. (لاحظ أنه يمكنك تغيير الإحصائية المستخدمة في " +"هذه الخطوة، باختيارها من القائمة المنسدلة \"طريقة التجميع\" في لوحة \"تجميع " +"البيانات\")." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:685 +msgid "" +"In this step, you will see how the image thumbnails can also be shown in the" +" viewer. To do this, under “Well display” in the “View options” panel, " +"select “thumbnail.” The colored well squares will be replaced with merged " +"color thumbnails of the original images." +msgstr "" +"في هذه الخطوة، ستتعرف على كيفية عرض الصور المصغرة في نافذة العرض. للقيام " +"بذلك، ضمن \"عرض المربعات\" في لوحة \"خيارات العرض\"، حدد \"الصور المصغرة\". " +"سيتم استبدال مربعات المربعات الملونة بصور مصغرة ملونة مدمجة للصور الأصلية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:689 +msgid "" +"In order to see that the original images are linked to the well display, you" +" should right-click on a well and select the image number corresponding to " +"the image of interest, in order to display the full image. (Note that the " +"default color for each channel can be changed by selecting the desired " +"colors in the menu bar; any changes will be applied to subsequent images " +"that you open.)" +msgstr "" +"للتأكد من ربط الصور الأصلية بعرض البئر، انقر بزر الفأرة الأيمن على البئر " +"واختر رقم الصورة المطابقة للصورة المطلوبة لعرضها كاملةً. (لاحظ أنه يمكنك " +"تغيير اللون الافتراضي لكل قناة باختيار الألوان المطلوبة من شريط القوائم؛ " +"وستُطبّق أي تغييرات على الصور اللاحقة التي تفتحها)." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:695 +msgid "" +"Lastly, you will view the thumbnail montages by right-clicking on a well and" +" selecting “Show thumbnail montage” from the resulting pop-up. Move the " +"thumbnail by dragging the bar on top of the image. Click on the thumbnail " +"image to dismiss it from view. (Note that, if there had been multiple " +"snapshots of multiple fields of view for each well in the plate, then the " +"montage would be shown as a tiled display.)" +msgstr "" +"أخيرًا، يمكنك عرض الصور المصغرة المجمعة بالنقر بزر الفأرة الأيمن على البئر " +"واختيار \"عرض الصور المصغرة المجمعة\" من النافذة المنبثقة. حرّك الصورة " +"المصغرة بسحب الشريط الموجود أعلى الصورة. انقر على الصورة المصغرة لإخفائها. " +"(لاحظ أنه في حال وجود لقطات متعددة لحقول رؤية مختلفة لكل بئر في اللوحة، " +"فسيتم عرض الصور المجمعة بشكل متجانب)." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:701 +msgid "" +"Do not close the Plate Viewer tool, as you will be referring to it later in " +"the exercise." +msgstr "لا تغلق أداة عرض اللوحة، لأنك ستشير إليها لاحقًا في التمرين." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:704 +msgid "" +"2. **Using the Classifier function of CPA to distinguish the cells’ " +"FOXO1A-GFP subcellular localization phenotypes**" +msgstr "" +"2. **استخدام وظيفة التصنيف في CPA لتمييز الأنماط الظاهرية لتوطين FOXO1A-GFP " +"داخل الخلايا**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:706 +msgid "" +"CellProfiler Analyst contains a machine-learning classification tool, which " +"will allow you to distinguish different phenotypes automatically. In this " +"case, we will “train” the classifier to recognize cells in which FOXO1A-GFP " +"is located exclusively in the nucleus (“positives”) versus outside the " +"nucleus (“negatives”) by sorting examples of each into bins." +msgstr "" +"يحتوي برنامج CellProfiler Analyst على أداة تصنيف تعتمد على التعلم الآلي، مما" +" يتيح لك التمييز بين الأنماط الظاهرية المختلفة تلقائيًا. في هذه الحالة، " +"سنقوم بتدريب المصنف على التعرف على الخلايا التي يتواجد فيها بروتين " +"FOXO1A-GFP حصريًا في النواة (\"الخلايا الإيجابية\") مقابل الخلايا التي " +"يتواجد فيها خارج النواة (\"الخلايا السلبية\")، وذلك عن طريق تصنيف عينات من " +"كل نوع في مجموعات." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:712 +msgid "" +"Select the *Classifier* icon in the main CPA window (, 2nd on left). The " +"Classifier interface will appear, similar to that shown in the top of Fig. " +"7." +msgstr "" +"حدد أيقونة *المصنف* في نافذة CPA الرئيسية (، الثانية من اليسار). " +"ستظهر واجهة المصنف، مشابهة لتلك الموضحة في أعلى الشكل 7." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:716 +msgid "" +"Click on the “Fetch!” button, which instructs CPA to display pictures of a " +"specified number (i.e. 20) of randomly selected cells from this experiment. " +"You will see the middle “unclassified” panel start to be populated with " +"thumbnail images of these randomly selected cells." +msgstr "" +"انقر على زر \"جلب!\"، الذي يُوجّه برنامج CPA لعرض صور لعدد مُحدد (مثلاً 20) " +"من الخلايا المُختارة عشوائياً من هذه التجربة. ستلاحظ بدء ظهور صور مصغرة لهذه" +" الخلايا المُختارة عشوائياً في لوحة \"غير مُصنفة\" الوسطى." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:721 +msgid "" +"Use your mouse to “drag & drop” whichever cells you consider clearly " +"positive (i.e. FOXO1A-GFP located exclusively in the nucleus) into the " +"“positive” bin. See the bottom-left panel of Fig. 7 for examples of positive" +" cells." +msgstr "" +"استخدم الفأرة لسحب وإفلات الخلايا التي تعتبرها إيجابية بوضوح (أي التي تحتوي " +"على بروتين FOXO1A-GFP الموجود حصريًا في النواة) في خانة \"الخلايا " +"الإيجابية\". انظر إلى اللوحة السفلية اليسرى من الشكل 7 للاطلاع على أمثلة " +"للخلايا الإيجابية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:726 +msgid "" +"A small dot is displayed in the center of each thumbnail image as your mouse" +" hovers over it. The cell that falls under this dot is the cell to “drag & " +"drop” which will be used for classification." +msgstr "" +"تظهر نقطة صغيرة في منتصف كل صورة مصغرة عند تحريك مؤشر الماوس فوقها. الخلية " +"التي تقع أسفل هذه النقطة هي الخلية التي يمكنك سحبها وإفلاتها، والتي ستُستخدم" +" للتصنيف." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:729 +msgid "" +"You can also select cells in the unclassified bin using the arrow keys and " +"assign them to bins with the number keys. E.g. Pressing '1' would send any " +"selected cells to the first bin ('positive' here)." +msgstr "" +"يمكنك أيضًا تحديد الخلايا في خانة \"غير المصنفة\" باستخدام مفاتيح الأسهم، ثم" +" تعيينها إلى خانات أخرى باستخدام مفاتيح الأرقام. على سبيل المثال، الضغط على " +"الرقم \"1\" سيرسل أي خلايا محددة إلى الخانة الأولى (\"موجبة\" هنا)." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:742 +msgid "" +"**Examples of positive cells** " +"             " +"**Examples of negative cells**" +msgstr "" +"**أمثلة على الخلايا الإيجابية**       **Top:** The Classifier interface showing 5 positive and 5 " +"negative cells. Thirty unclassified cells remain and are ready for sorting. " +"**Bottom:** *Examples of positive cells (left) and negative cells " +"(right).*" +msgstr "" +"الشكل 7: **أعلى: واجهة المصنف تُظهر 5 خلايا موجبة و5 خلايا سالبة. " +"تبقى 30 خلية غير مصنفة وجاهزة للفرز. **أسفل: *أمثلة على الخلايا " +"الموجبة (يسار) والخلايا السالبة (يمين).*" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:750 +msgid "" +"Now “drag & drop” whichever cells you consider clearly negative (i.e. " +"FOXO1A-GFP located exclusively in the cytoplasm) into the “negative” bin. " +"See the bottom-right panel of Fig. 7 for examples of negative cells." +msgstr "" +"الآن، اسحب وأفلت أي خلايا تعتبرها سلبية بوضوح (أي FOXO1A-GFP الموجودة حصريًا" +" في السيتوبلازم) في خانة \"الخلايا السلبية\". انظر إلى اللوحة السفلية اليمنى" +" من الشكل 7 للاطلاع على أمثلة للخلايا السلبية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:755 +msgid "" +"Once you have at least 5 cells in the positive bin and 5 cells in the " +"negative bin, change the classifier from ‘Random Forest’ to ‘Fast Gentle " +"Boosting’ and click the “Train Classifier” button. If you did not receive 5 " +"clearly positive & 5 clearly negative cells, in the first batch of 20 " +"randomly selected cells you received, then hit the “Fetch!” button again, " +"until you receive enough cells to be able to put 5 in each bin." +msgstr "" +"بمجرد حصولك على 5 خلايا على الأقل في خانة الموجب و5 خلايا على الأقل في خانة " +"السالب، غيّر المصنف من \"الغابة العشوائية\" إلى \"التعزيز السريع اللطيف\" " +"وانقر على زر \"تدريب المصنف\". إذا لم تحصل على 5 خلايا موجبة و5 خلايا سالبة " +"واضحة في الدفعة الأولى المكونة من 20 خلية مختارة عشوائيًا، فانقر على زر " +"\"جلب!\" مرة أخرى حتى تحصل على عدد كافٍ من الخلايا لوضع 5 خلايا في كل خانة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:763 +msgid "" +"Note that in this portion of the exercise, the cell images that are provided" +" to you are a random sampling of the data. Thus, depending on which cell " +"images are allocated to you, your sorting into these two bins will take " +"varying amounts of time. Subsequently, the results of this portion of the " +"exercise will not look the same from user to user." +msgstr "" +"لاحظ أنه في هذا الجزء من التمرين، تُمثل صور الخلايا المُقدمة لك عينة عشوائية" +" من البيانات. لذا، سيختلف الوقت اللازم لفرز البيانات في هاتين المجموعتين " +"تبعًا لصور الخلايا المُخصصة لك. ونتيجةً لذلك، لن تكون نتائج هذا الجزء من " +"التمرين متطابقة بين المستخدمين." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:769 +msgid "" +"We refer to this set of positive and negative cells you have assembled as " +"the “training set.”" +msgstr "" +"نشير إلى هذه المجموعة من الخلايا الإيجابية والسلبية التي قمت بتجميعها باسم " +"\"مجموعة التدريب\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:772 +msgid "" +"3. **Reviewing the rules that CPA established (based on your training set) " +"to classify positive and negative cells**" +msgstr "" +"3. **مراجعة القواعد التي وضعها برنامج CPA (استنادًا إلى مجموعة التدريب " +"الخاصة بك) لتصنيف الخلايا الإيجابية والسلبية**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:774 +msgid "" +"The classification rules you will examine below are CPA’s way of defining " +"the measurements (and the cutoff values the measurements need to have) in " +"order to distinguish the positive from the negative phenotypes." +msgstr "" +"قواعد التصنيف التي ستدرسها أدناه هي طريقة CPA لتحديد القياسات (والقيم الحدية" +" التي يجب أن تحتويها القياسات) من أجل التمييز بين الأنماط الظاهرية الإيجابية" +" والسلبية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:779 +msgid "" +"Read the text that is now located in the text box in the upper half of the " +"Classifier window. This text contains the rules CPA found based on the " +"training set you provided to it." +msgstr "" +"اقرأ النص الموجود الآن في مربع النص في النصف العلوي من نافذة المصنف. يحتوي " +"هذا النص على القواعد التي عثر عليها برنامج CPA بناءً على مجموعة التدريب التي" +" قدمتها له." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:783 +msgid "" +"Each rule is in the form an “IF” statement evaluating whether a measurement " +"is greater than some value." +msgstr "" +"تأتي كل قاعدة على شكل عبارة \"إذا\" لتقييم ما إذا كان القياس أكبر من قيمة " +"معينة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:785 +msgid "" +"The closer to the top of the list a measurement appears, the more " +"significant it is in distinguishing the phenotypes." +msgstr "" +"كلما اقترب القياس من أعلى القائمة، زادت أهميته في تمييز الأنماط الظاهرية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:787 +msgid "" +"Note that this rule display is only available with the 'FastGentleBoosting' " +"classifier type. Other classifier types will list the most important " +"features used by the model (if supported by the classifier type)." +msgstr "" +"لاحظ أن عرض هذه القاعدة متاح فقط مع نوع المصنف \"FastGentleBoosting\". أما " +"أنواع المصنفات الأخرى فستعرض أهم الميزات التي يستخدمها النموذج (إذا كان نوع " +"المصنف يدعمها)." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:792 +msgid "" +"Questions to consider: (1) What is the top-most measurement that shows up in" +" your classification rules? (2) Is the top-most measurement one that you " +"would expect to be the most significant one to use in distinguishing the " +"phenotypes?" +msgstr "" +"أسئلة للنظر فيها: (1) ما هو المقياس الأهم الذي يظهر في قواعد التصنيف الخاصة " +"بك؟ (2) هل هذا المقياس الأهم هو الذي تتوقع أن يكون الأكثر أهمية في تمييز " +"الأنماط الظاهرية؟" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:797 +msgid "" +"4. **Reviewing the accuracy of the classification with the confusion " +"matrix**" +msgstr "4. **مراجعة دقة التصنيف باستخدام مصفوفة الارتباك**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:799 +msgid "" +"Once you have trained a classifier, you can test the ability of the of the " +"classification rules to predict which class each cell in your training set " +"belongs to. CPA does this by taking each cell in the training set, using its" +" measurements and the rules generated in training to ‘guess’ whether it " +"should be positive or negative, then comparing that answer with the bin you " +"actually placed it in. The accuracy of these predictions can be graphed in a" +" matrix with the ‘True label’ (the bin you assigned) on the Y axis and the " +"‘Predicted label’ (CPA’s guess) on the X axis." +msgstr "" +"بعد تدريب المصنف، يمكنك اختبار قدرة قواعد التصنيف على التنبؤ بالفئة التي " +"تنتمي إليها كل خلية في مجموعة التدريب. يقوم CPA بذلك من خلال أخذ كل خلية في " +"مجموعة التدريب، واستخدام قياساتها والقواعد المُولَّدة أثناء التدريب " +"لـ\"تخمين\" ما إذا كان ينبغي أن تكون موجبة أم سالبة، ثم مقارنة هذا التخمين " +"بالفئة التي وضعتها فيها فعليًا. يمكن تمثيل دقة هذه التنبؤات بيانيًا في " +"مصفوفة، حيث يُمثِّل المحور الرأسي \"التصنيف الصحيح\" (الفئة التي خصصتها) " +"بينما يُمثِّل المحور الأفقي \"التصنيف المُتوقَّع\" (تخمين CPA)." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:809 +msgid "" +"Press the ‘Evaluate’ button to generate a confusion matrix for the cells " +"you’ve classified so far. How accurate is your classification after adding " +"only a few cells to your training set?" +msgstr "" +"اضغط على زر \"تقييم\" لإنشاء مصفوفة الارتباك للخلايا التي صنفتها حتى الآن. " +"ما مدى دقة تصنيفك بعد إضافة عدد قليل من الخلايا فقط إلى مجموعة التدريب؟" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:813 +msgid "" +"Note that the confusion matrix is NOT a measure of how accurate the " +"classifier will be on your whole data set, simply a measure of *how well the" +" classifier performs on your hand-picked examples*. As your data is likely " +"more complicated than just the few cells you’ve chosen to train on, you " +"shouldn’t stop at this point even if you have a perfect correlation matrix -" +" you need to see how your classifier will perform on more data before you " +"can decide whether it’s accurate enough to score the whole experiment." +msgstr "" +"لاحظ أن مصفوفة الارتباك لا تُعدّ مقياسًا لدقة المصنف على مجموعة البيانات " +"الكاملة، بل هي مقياسٌ فقط لمدى جودة أداء المصنف على الأمثلة التي اخترتها " +"بنفسك. ولأن بياناتك على الأرجح أكثر تعقيدًا من مجرد الخلايا القليلة التي " +"اخترتها للتدريب، فلا تتوقف عند هذه النقطة حتى لو كانت لديك مصفوفة ارتباط " +"مثالية؛ بل عليك أن ترى كيف سيعمل المصنف على المزيد من البيانات قبل أن تقرر " +"ما إذا كان دقيقًا بما يكفي لتقييم التجربة بأكملها." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:826 +msgid "" +"*Figure 8: Examples of confusion matrices from a poorly-trained (left) and " +"well-trained (right) classifier. The cells in the classifier on the left " +"were assigned to bins of the training set at random, making it very " +"difficult to come up with good rules to separate the classes; nearly 50% of " +"each class is predicted incorrectly. The cells in the classifier on the " +"right have been assigned to the correct bins, allowing the classifier to " +"find rules that accurately predict which class the cells belong to. While " +"the cells in this simple example were able to be predicted perfectly, that " +"is rare in real data.*" +msgstr "" +"*الشكل 8: أمثلة على مصفوفات الارتباك من مصنف ضعيف التدريب (يسار) ومصنف جيد " +"التدريب (يمين). تم تخصيص الخلايا في المصنف على اليسار لمجموعات بيانات " +"التدريب عشوائيًا، مما يجعل من الصعب جدًا وضع قواعد جيدة لفصل الفئات؛ حيث تم " +"التنبؤ بما يقارب 50% من كل فئة بشكل خاطئ. أما الخلايا في المصنف على اليمين " +"فقد تم تخصيصها للمجموعات الصحيحة، مما يسمح للمصنف بإيجاد قواعد تتنبأ بدقة " +"بالفئة التي تنتمي إليها الخلايا. على الرغم من إمكانية التنبؤ بالخلايا في هذا" +" المثال البسيط بشكل مثالي، إلا أن هذا نادر الحدوث في البيانات الحقيقية.*" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:837 +msgid "" +"5. **Refining the training set by sorting more “unclassified” cells into the" +" “positive” and “negative” bins**" +msgstr "" +"5. **تحسين مجموعة التدريب عن طريق فرز المزيد من الخلايا \"غير المصنفة\" إلى " +"خانات \"الإيجابية\" و\"السلبية\"**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:839 +msgid "" +"At this point, it is important to keep in mind that the CPA Classifier tool " +"will pick whichever measurement is most significant in making its " +"determination of positive versus negative (whether or not that measurement " +"happens to be a physiologically relevant characteristic in the mind of the " +"user)." +msgstr "" +"في هذه المرحلة، من المهم أن نضع في اعتبارنا أن أداة تصنيف CPA ستختار أي قياس" +" هو الأكثر أهمية في تحديد ما إذا كان إيجابيًا أم سلبيًا (سواء كان هذا القياس" +" سمة ذات صلة فسيولوجية في ذهن المستخدم أم لا)." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:845 +msgid "" +"For example, at this point (after only sorting 5 positive & 5 negative " +"cells), you may notice measurements called *“Object_Number”* (the object " +"number of each cell) or *“Nuclei_Location_Center”* (the cell position in the" +" image) included in the classification rules. This indicates that the " +"classifier is not well-trained, since these measurements are not correlated " +"with the phenotype we want to find. Whenever you find that the classifier is" +" not well-trained, you need to either add more cells to the training set, or" +" obtain more measurements from the cells." +msgstr "" +"على سبيل المثال، في هذه المرحلة (بعد فرز 5 خلايا موجبة و5 خلايا سالبة فقط)، " +"قد تلاحظ وجود قياسات تُسمى *\"Object_Number\"* (رقم كل خلية) أو " +"*\"Nuclei_Location_Center\"* (موقع الخلية في الصورة) ضمن قواعد التصنيف. يشير" +" هذا إلى أن المصنف غير مُدرَّب جيدًا، لأن هذه القياسات لا ترتبط بالنمط " +"الظاهري المطلوب. عندما تجد أن المصنف غير مُدرَّب جيدًا، عليك إما إضافة " +"المزيد من الخلايا إلى مجموعة التدريب، أو الحصول على المزيد من القياسات من " +"الخلايا." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:855 +msgid "" +"**Refining the training set by obtaining samples from positive and negative " +"control wells:** Sometimes the phenotype of interest is uncommon enough, " +"that fetching 20 random images will not result in the retrieval of many " +"clear examples of the phenotype you are looking for. However, if you know " +"which images contain examples of the phenotype, you can open the image - " +"either by double-clicking a cell thumbnail, or from the *Plate Viewer* (if " +"you know the location of the well). You can then drag-and-drop the cells of " +"interest directly from the image." +msgstr "" +"**تحسين مجموعة التدريب من خلال الحصول على عينات من آبار التحكم الموجبة " +"والسالبة:** في بعض الأحيان، يكون النمط الظاهري المطلوب نادرًا لدرجة أن جلب " +"20 صورة عشوائية لن يُسفر عن استرجاع العديد من الأمثلة الواضحة للنمط الظاهري " +"الذي تبحث عنه. مع ذلك، إذا كنت تعرف الصور التي تحتوي على أمثلة لهذا النمط " +"الظاهري، يمكنك فتح الصورة - إما بالنقر المزدوج على صورة مصغرة للخلية، أو من " +"*عارض اللوحة* (إذا كنت تعرف موقع البئر). يمكنك بعد ذلك سحب وإفلات الخلايا " +"المطلوبة مباشرةً من الصورة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:864 +msgid "" +"Open the *Plate Viewer* and double-click on well A01, in order to open an " +"image from the negative controls." +msgstr "" +"افتح *عارض اللوحات* وانقر نقرًا مزدوجًا على البئر A01، لفتح صورة من عناصر " +"التحكم السلبية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:866 +msgid "" +"Click on a cell in the image that is negative for the phenotype and drag-" +"and-drop it into the negative bin. Repeat this for 5 negative cells." +msgstr "" +"انقر على خلية في الصورة لا تحمل النمط الظاهري المطلوب، ثم اسحبها وأفلتها في " +"خانة الخلايا السالبة. كرر هذه العملية لخمس خلايا سالبة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:869 +msgid "" +"Repeat the above two steps for A12 (a well containing a positive control " +"sample), dropping the cells into the positive bin. Do this for 5 positive " +"cells." +msgstr "" +"كرر الخطوتين السابقتين للبئر A12 (الذي يحتوي على عينة تحكم موجبة)، مع وضع " +"الخلايا في صندوق العينات الموجبة. كرر ذلك لخمس خلايا موجبة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:872 +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:898 +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:928 +msgid "Click the “Train classifier” button." +msgstr "انقر على زر \"تدريب المصنف\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:874 +msgid "" +"**Refining the training set by correcting misclassified cells in an image:**" +" You may also apply the rules to all the identified cells in an image, and " +"use it to correct misclassifications." +msgstr "" +"**تحسين مجموعة التدريب عن طريق تصحيح الخلايا المصنفة بشكل خاطئ في الصورة:** " +"يمكنك أيضًا تطبيق القواعد على جميع الخلايا المحددة في الصورة، واستخدامها " +"لتصحيح التصنيفات الخاطئة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:878 +msgid "Double-click any of cell thumbnails in the positive or negative bins." +msgstr "" +"انقر نقراً مزدوجاً على أي من الصور المصغرة للخلايا في خانات القيم الموجبة أو" +" السالبة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:880 +msgid "" +"From the image that opens, click “Classify” from the menu, then “Classify " +"Image”." +msgstr "من الصورة التي تفتح، انقر فوق \"تصنيف\" من القائمة، ثم \"تصنيف الصورة\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:883 +msgid "" +"The cells will be color-coded according to their classification based on the" +" current rules." +msgstr "سيتم ترميز الخلايا بالألوان وفقًا لتصنيفها بناءً على القواعد الحالية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:886 +msgid "" +"Click the “Show controls >>” button at the bottom to reveal the total counts" +" of each class on the image. On Windows computers this will also show which " +"color corresponds to which class." +msgstr "" +"انقر على زر \"إظهار عناصر التحكم >>\" في الأسفل لعرض العدد الإجمالي لكل فئة " +"في الصورة. في أجهزة الكمبيوتر التي تعمل بنظام ويندوز، سيظهر لك هذا أيضًا " +"اللون الذي يُمثل كل فئة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:889 +msgid "" +"On Macs, select “View” from the image menu, and then select “View cell " +"classes as numbers.” Then, to see what each number means, click the “Show " +"controls >>” button at the bottom to reveal the numbered class list." +msgstr "" +"على أجهزة ماك، حدد \"عرض\" من قائمة الصور، ثم حدد \"عرض فئات الخلايا " +"كأرقام\". بعد ذلك، لمعرفة معنى كل رقم، انقر فوق الزر \"إظهار عناصر التحكم " +">>\" في الأسفل لعرض قائمة الفئات المرقمة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:894 +msgid "" +"Look for up to 5 cells that are clearly misclassified. For each of these " +"cells that you find, click on it and drag-and-drop it into the appropriate " +"bin." +msgstr "" +"ابحث عن ما يصل إلى 5 خلايا مصنفة بشكل خاطئ. لكل خلية من هذه الخلايا التي " +"تجدها، انقر عليها واسحبها وأفلتها في الخانة المناسبة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:900 +msgid "**Refining the training set by fetching positive and negative cells:**" +msgstr "**تحسين مجموعة التدريب من خلال جلب الخلايا الموجبة والسالبة:**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:901 +msgid "" +"You now have your initial training set, and the rules that define the " +"computer’s first attempt at distinguishing the phenotype. Therefore you can " +"now request that the computer fetch more examples of positive and negative " +"cells. These new sample cells can be added to the corresponding bins, in " +"order to improve the classifier’s performance, with respect to " +"distinguishing the FOXO1A-GFP subcellular localization phenotypes." +msgstr "" +"أصبح لديك الآن مجموعة بيانات التدريب الأولية، والقواعد التي تحدد المحاولة " +"الأولى للحاسوب في تمييز النمط الظاهري. لذا، يمكنك الآن طلب جلب المزيد من " +"الأمثلة للخلايا الإيجابية والسلبية. يمكن إضافة هذه الخلايا الجديدة إلى " +"الخانات المناسبة لتحسين أداء المصنف في تمييز أنماط التموضع الخلوي الفرعي " +"لبروتين FOXO1A-GFP." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:908 +msgid "" +"Change the number next to the word “Fetch” from “20” to “5”. Click on the " +"drop-down box labeled “random” in the fetch controls. Select “positive” from" +" the drop-down list." +msgstr "" +"غيّر الرقم المجاور لكلمة \"جلب\" من \"20\" إلى \"5\". انقر على القائمة " +"المنسدلة المسماة \"عشوائي\" في عناصر تحكم الجلب. اختر \"إيجابي\" من القائمة " +"المنسدلة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:912 +msgid "" +"Click the “Fetch!” button to retrieve samples of what the computer thinks " +"are positive cells based on the current set of rules. Refine your training " +"set by doing the following:" +msgstr "" +"انقر على زر \"جلب!\" لاسترجاع عينات مما يعتبره الحاسوب خلايا إيجابية بناءً " +"على مجموعة القواعد الحالية. حسّن مجموعة التدريب الخاصة بك باتباع الخطوات " +"التالية:" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:916 +msgid "" +"If positive cells are correctly fetched (true positives), drag and drop them" +" into the positive bin." +msgstr "" +"إذا تم جلب الخلايا الإيجابية بشكل صحيح (النتائج الإيجابية الحقيقية)، فاسحبها" +" وأفلتها في خانة الخلايا الإيجابية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:918 +msgid "" +"If negative cells are incorrectly fetched (false positives), drag and drop " +"them into the negative bin." +msgstr "" +"إذا تم جلب الخلايا السلبية بشكل غير صحيح (النتائج الإيجابية الخاطئة)، " +"فاسحبها وأفلتها في خانة الخلايا السلبية." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:921 +msgid "" +"As with previous steps, if you are not sure about which bin a cell belongs " +"to, do not add it to the training set. Instead, click to select these " +"ambiguous cells, and then press the “Delete” key to remove them from the " +"analysis." +msgstr "" +"كما هو الحال في الخطوات السابقة، إذا لم تكن متأكدًا من الفئة التي تنتمي " +"إليها الخلية، فلا تُضفها إلى مجموعة التدريب. بدلًا من ذلك، انقر لتحديد هذه " +"الخلايا الغامضة، ثم اضغط على مفتاح \"حذف\" لإزالتها من التحليل." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:926 +msgid "Repeat this step until you have at least 20 cells in each bin." +msgstr "كرر هذه الخطوة حتى يصبح لديك 20 خلية على الأقل في كل صندوق." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:929 +msgid "" +"Questions to consider: (1) What is the top-most rule that shows up in your " +"classification rules? (2) Is the top-most rule a measurement that you would " +"expect to be the most significant one to use, in distinguishing the " +"phenotypes?" +msgstr "" +"أسئلة للنظر فيها: (1) ما هي القاعدة الأهم التي تظهر في قواعد التصنيف الخاصة " +"بك؟ (2) هل القاعدة الأهم هي مقياس تتوقع أن يكون الأكثر أهمية في تمييز " +"الأنماط الظاهرية؟" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:934 +msgid "" +"Whatever approach you choose to obtain more positive and negative cells, the" +" procedure is the same: (i) Find rules; (ii) Obtain more cell samples of the" +" desired phenotype; (iii) Correct misclassifications, or sort into " +"appropriate bins; (iv) Go back to the first step and repeat, until the " +"classifier displays the desired level of accuracy." +msgstr "" +"أياً كان النهج الذي تختاره للحصول على المزيد من الخلايا الإيجابية والسلبية، " +"فإن الإجراء هو نفسه: (1) إيجاد القواعد؛ (2) الحصول على المزيد من عينات " +"الخلايا ذات النمط الظاهري المطلوب؛ (3) تصحيح التصنيفات الخاطئة، أو فرزها في " +"فئات مناسبة؛ (4) العودة إلى الخطوة الأولى وتكرارها، حتى يعرض المصنف المستوى " +"المطلوب من الدقة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:940 +msgid "6. **Classifying all cells in the experiment**" +msgstr "6. **تصنيف جميع الخلايا في التجربة**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:942 +msgid "" +"Once the classifier is of the desired accuracy, it is ready to be applied to" +" the complete image data set." +msgstr "" +"بمجرد أن يصل المصنف إلى الدقة المطلوبة، يصبح جاهزًا للتطبيق على مجموعة " +"بيانات الصور الكاملة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:945 +msgid "" +"Press the “Score all” button. A dialog box will appear with scoring options;" +" click “OK” to accept the default settings and begin scoring. Every cell in " +"every image will now be scored as positive or negative by the classifier you" +" built." +msgstr "" +"اضغط على زر \"تقييم الكل\". سيظهر مربع حوار يحتوي على خيارات التقييم؛ انقر " +"على \"موافق\" لقبول الإعدادات الافتراضية وبدء التقييم. سيتم الآن تقييم كل " +"خلية في كل صورة على أنها إيجابية أو سلبية بواسطة المصنف الذي أنشأته." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:950 +msgid "" +"A “Hit table” window will appear containing the summarized scores for every " +"image (Fig. 9). The total cell count is reported, as well as the number of " +"positive and negative cells classified. The last column is the enrichment " +"score." +msgstr "" +"ستظهر نافذة \"جدول النتائج\" تحتوي على ملخص النتائج لكل صورة (الشكل 9). " +"ويُعرض إجمالي عدد الخلايا، بالإضافة إلى عدد الخلايا المصنفة إيجابية وسلبية. " +"أما العمود الأخير فيُمثل درجة الإثراء." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:955 +msgid "" +"Click on the column header labeled “Enriched Score positive.” (You can " +"resize the hit table window, if this column is not visible). Clicking this " +"header will sort the rows in ascending or descending order, according to the" +" enrichment scores. Sort the column values so the order is descending, with " +"the highest score at top." +msgstr "" +"انقر على عنوان العمود المسمى \"النتيجة المُحسّنة إيجابية\". (يمكنك تغيير حجم" +" نافذة جدول النتائج إذا لم يكن هذا العمود ظاهرًا). سيؤدي النقر على هذا " +"العنوان إلى فرز الصفوف تصاعديًا أو تنازليًا، وفقًا لنتائج التحسين. رتّب قيم " +"العمود بحيث يكون الترتيب تنازليًا، مع وضع أعلى نتيجة في الأعلى." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:960 +msgid "" +"Double-click on the asterisk in the first row to the left of the first " +"column (“ImageNumber”) to display the corresponding image for the top-" +"scoring well." +msgstr "" +"انقر نقرًا مزدوجًا على النجمة في الصف الأول إلى يسار العمود الأول (\"رقم " +"الصورة\") لعرض الصورة المقابلة للبئر الأعلى تقييمًا." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:968 +msgid "*Figure 9: Hit table showing the cell counts and enrichment scores.*" +msgstr "*الشكل 9: جدول النتائج الذي يوضح عدد الخلايا ودرجات الإثراء.*" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:971 +msgid "" +"You can also save your training set and/or classifer model for future " +"reference or to make changes later; do so by going to *File > Save Training " +"Set* or *File > Save Classifier Model*" +msgstr "" +"يمكنك أيضًا حفظ مجموعة التدريب و/أو نموذج المصنف للرجوع إليها لاحقًا أو " +"لإجراء تغييرات عليها؛ يمكنك القيام بذلك بالانتقال إلى *ملف > حفظ مجموعة " +"التدريب* أو *ملف > حفظ نموذج المصنف*" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:975 +msgid "7. **Saving the scores to the measurement database for visualization**" +msgstr "7. **حفظ النتائج في قاعدة بيانات القياس لعرضها بصريًا**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:977 +msgid "" +"Now that we have successfully scored our experiment, we will save the scores" +" back to the measurement database, so that they can be visualized using " +"CPA’s tools." +msgstr "" +"الآن وقد نجحنا في تقييم تجربتنا، سنقوم بحفظ النتائج مرة أخرى في قاعدة بيانات" +" القياس، حتى يمكن عرضها باستخدام أدوات CPA." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:981 +msgid "" +"Select the “Hit table” window and click “File” from the menu, then “Save " +"table to database.” When prompted for a name, enter “HitTable”. Select “save" +" permanently” when prompted." +msgstr "" +"حدد نافذة \"جدول النتائج\" وانقر على \"ملف\" من القائمة، ثم \"حفظ الجدول في " +"قاعدة البيانات\". عند مطالبتك بإدخال اسم، أدخل \"HitTable\". حدد \"حفظ " +"دائم\" عند مطالبتك بذلك." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:985 +msgid "" +"Select Plate Viewer from the CPA interface, then choose “\\*OTHER TABLE\\*” " +"from “Data source.”" +msgstr "حدد \"عارض اللوحات\" من واجهة CPA، ثم اختر \"*جدول آخر*\" من \"مصدر البيانات\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:988 +msgid "When prompted to select a table, choose “HitTable.”" +msgstr "عند مطالبتك بتحديد جدول، اختر \"HitTable\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:990 +msgid "" +"At the next prompt, select “per-well” as the table type. Then select the " +"matching columns in order to link the table of hits to the table of image " +"measurements, by doing the following:" +msgstr "" +"في النافذة التالية، حدد \"لكل بئر\" كنوع الجدول. ثم حدد الأعمدة المطابقة " +"لربط جدول النتائج بجدول قياسات الصور، وذلك باتباع الخطوات التالية:" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:994 +msgid "" +"On the first row, choose “*PlateID*” on the left to match " +"“*Image_Metadata_Plate*” on the right." +msgstr "" +"في الصف الأول، اختر \"*PlateID*\" على اليسار لمطابقة " +"\"*Image_Metadata_Plate*\" على اليمين." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:996 +msgid "" +"On the second row, choose “*Image_Metadata_Well*” on the left to match " +"“*Image_Metadata_Well*” on the right." +msgstr "" +"في الصف الثاني، اختر \"*Image_Metadata_Well*\" على اليسار لمطابقة " +"\"*Image_Metadata_Well*\" على اليمين." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:999 +msgid "" +"Open a new Plate Viewer tool from the main CPA window. On the Plate Viewer, " +"select “*pEnriched_positive”* from the *Measurement* drop-down list in order" +" to view the enrichment scores in the plate layout." +msgstr "" +"افتح أداة عرض اللوحات الجديدة من نافذة CPA الرئيسية. في أداة عرض اللوحات، " +"حدد \"*pEnriched_positive\"* من القائمة المنسدلة *القياس* لعرض درجات الإثراء" +" في تخطيط اللوحة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:1003 +msgid "" +"Refer to the previous Plate Viewer display of *“Image_Metadata_Dose*” from " +"section 2A. Consider the following questions: (1) How well does the layout " +"of the “*pEnriched_positive*” values match the layout of the (i) positive " +"and negative control wells and (ii) the 9-point dose wells of " +"“*Image_Metadata_Dose*”? (2) What does this correspondence (or lack thereof)" +" tell you about the classifier?" +msgstr "" +"راجع عرض لوحة العرض السابق لـ \"Image_Metadata_Dose\" من القسم 2أ. ضع في " +"اعتبارك الأسئلة التالية: (1) ما مدى تطابق تخطيط قيم \"pEnriched_positive\" " +"مع تخطيط (أ) آبار التحكم الموجبة والسالبة و(ب) آبار جرعة النقاط التسع لـ " +"\"Image_Metadata_Dose\"؟ (2) ماذا يُخبرك هذا التطابق (أو عدمه) عن المُصنِّف؟" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:1011 +msgid "" +"8. **Plotting the scoring results, to estimate the lowest dose necessary to " +"induce FOX1O-GFP translocation**" +msgstr "" +"8. **رسم نتائج التقييم، لتقدير أقل جرعة ضرورية لتحفيز انتقال FOX1O-GFP**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:1013 +msgid "" +"You can use additional data tools in CPA to visualize your data in other " +"ways. In this case, we will use a scatter plot to plot a dose-response " +"curve. This will allow us to see how the ratio of positive cells (i.e. cells" +" with GFP in the nucleus) increases with Wortmannin dose." +msgstr "" +"يمكنك استخدام أدوات بيانات إضافية في برنامج CPA لعرض بياناتك بطرق أخرى. في " +"هذه الحالة، سنستخدم مخطط التشتت لرسم منحنى استجابة الجرعة. سيتيح لنا ذلك " +"رؤية كيفية زيادة نسبة الخلايا الإيجابية (أي الخلايا التي تحتوي على بروتين " +"GFP في النواة) مع زيادة جرعة وورتمنين." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:1018 +msgid "" +"Click the Scatter Plot icon in the main CPA window (4th from left)." +msgstr "" +"انقر فوق رمز مخطط التشتت في نافذة CPA الرئيسية (الرابع من اليسار)." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:1019 +msgid "" +"From the “x-axis” row, select “*Per_image*” and “*Image_Metadata_Dose*” from" +" the drop-down lists. Choose “*log*” from the “Scale” drop-down." +msgstr "" +"من صف \"المحور السيني\"، حدد \"*لكل_صورة*\" " +"و\"*جرعة_بيانات_الصورة_الوصفية*\" من القوائم المنسدلة. اختر \"*لوغاريتمي*\" " +"من القائمة المنسدلة \"المقياس\"." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:1022 +msgid "" +"From the “y-axis” row, select “*HitTable*” and “*pEnriched_positive*” from " +"the drop-down-lists." +msgstr "" +"من صف \"المحور الصادي\"، حدد \"*HitTable*\" و \"*pEnriched_positive*\" من " +"القوائم المنسدلة." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:1024 +msgid "" +"Click the “Update chart” button to see the scatter plot. NOTE: due to a bug " +"in CPA, if you have plot the graph once in “*linear*” scale mode and then " +"try to switch to “*log*” scale an error will be thrown. If you want to look " +"at both, open two separate scatter plots." +msgstr "" +"انقر على زر \"تحديث الرسم البياني\" لعرض مخطط التشتت. ملاحظة: بسبب خلل في " +"برنامج CPA، إذا قمت برسم الرسم البياني مرةً واحدةً في وضع المقياس الخطي ثم " +"حاولت التبديل إلى المقياس اللوغاريتمي، فسيظهر خطأ. لعرض كلا المقياسين، افتح " +"مخططَي تشتت منفصلين." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:1028 +msgid "" +"In the space below, record your questions to the following questions: (1) " +"What is the enrichment score (*pEnriched_positive*) that corresponds to the " +"highest dose (*Image_Metadata_Dose*) in the experiment? (There are several " +"points corresponding to the highest dose, so estimate the average enrichment" +" score) (2) What is the lowest dose that produces an enrichment score " +"similar to that of the maximum dose?" +msgstr "" +"في المساحة أدناه، سجّل إجاباتك على الأسئلة التالية: (1) ما هي قيمة الإثراء " +"(*pEnriched_positive*) التي تُقابل أعلى جرعة (*Image_Metadata_Dose*) في " +"التجربة؟ (توجد عدة نقاط تُقابل أعلى جرعة، لذا قدّر متوسط قيمة الإثراء). (2) " +"ما هي أقل جرعة تُنتج قيمة إثراء مُشابهة لتلك الخاصة بأعلى جرعة؟" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:1036 +msgid "9. **Exporting your classifier for use in a CellProfiler pipeline**" +msgstr "9. **تصدير المصنف الخاص بك لاستخدامه في مسار CellProfiler**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:1038 +msgid "" +"Head back to the Classifier tool. The *File-->Save Classifier Model* menu " +"option can be used to export a .model file which stores the trained " +"classifier for use in other software." +msgstr "" +"ارجع إلى أداة التصنيف. يمكنك استخدام خيار القائمة *ملف --> حفظ نموذج المصنف*" +" لتصدير ملف بامتداد .model يحتوي على المصنف المدرب لاستخدامه في برامج أخرى." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:1042 +msgid "" +"Within CellProfiler 4+, the *ClassifyObjects* and *FilterObjects* modules " +"can load these model files and use them to assign objects to classes during " +"the pipeline itself. This allows you to classify new data sets without " +"needing to train in CellProfiler Analyst again." +msgstr "" +"في CellProfiler 4 والإصدارات الأحدث، يمكن لوحدتي *ClassifyObjects* و " +"*FilterObjects* تحميل ملفات النموذج هذه واستخدامها لتصنيف الكائنات أثناء " +"عملية المعالجة نفسها. يتيح لك هذا تصنيف مجموعات البيانات الجديدة دون الحاجة " +"إلى إعادة التدريب في CellProfiler Analyst." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:1046 +msgid "" +"Note that to use model files in CellProfiler, the pipeline needs to produce " +"the same measurements that were present in your CPA database during " +"training. These measurements must be captured before the module which will " +"use your model." +msgstr "" +"لاحظ أنه لاستخدام ملفات النموذج في CellProfiler، يجب أن تُنتج عملية المعالجة" +" نفس القياسات التي كانت موجودة في قاعدة بيانات CPA الخاصة بك أثناء التدريب. " +"يجب التقاط هذه القياسات قبل الوحدة التي ستستخدم نموذجك." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:1053 +msgid "**To learn more about CellProfiler, please see our website:**" +msgstr "" +"**للمزيد من المعلومات حول CellProfiler، يرجى زيارة موقعنا الإلكتروني:**" + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:1055 +msgid "" +"Download CellProfiler and CellProfiler Analyst from the “Download” links on " +"[https://cellprofiler.org/](https://cellprofiler.org/) and " +"[https://cellprofileranalyst.org/](https://cellprofileranalyst.org/), and " +"install according to the instructions from the download page. This webpage " +"also provides tutorials and example pipelines." +msgstr "" +"قم بتنزيل برنامجي CellProfiler وCellProfiler Analyst من روابط \"التنزيل\" " +"على الموقعين الإلكترونيين " +"[https://cellprofiler.org/](https://cellprofiler.org/) " +"و[https://cellprofileranalyst.org/](https://cellprofileranalyst.org/)، ثم " +"ثبّتهما وفقًا للتعليمات الواردة في صفحة التنزيل. كما توفر هذه الصفحة " +"الإلكترونية دروسًا تعليمية ونماذج لبرامج تحليل البيانات." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:1060 +msgid "" +"Visit the Scientific Community Image Forum at to " +"find answers to common questions and ask for help if needed." +msgstr "" +"قم بزيارة منتدى الصور الخاص بالمجتمع العلمي على الرابط التالي: " +" للعثور على إجابات للأسئلة الشائعة وطلب المساعدة " +"إذا لزم الأمر." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:1062 +msgid "" +"Video tutorials that may be helpful are available on the Center for Open " +"Bioimage Analysis YouTube channel: " +"." +msgstr "" +"تتوفر دروس فيديو قد تكون مفيدة على قناة مركز تحليل الصور الحيوية المفتوحة " +"على يوتيوب: ." + +#: ../../source/Translocation/Translocation.md:1065 +msgid "" +"Download sample images and the text file of experimental parameters used in " +"this exercise from . (The images were kindly " +"provided through the Broad Bioimage Benchmark Collection at " +")" +msgstr "" +"حمّل صورًا نموذجية وملفًا نصيًا يحتوي على معايير التجربة المستخدمة في هذه " +"الدراسة من . (تم توفير الصور مشكورًا " +"من خلال مجموعة Broad Bioimage Benchmark Collection على " +")."