Чтобы переменные окружения экспортировались при открытиии сессии, их нужно занести их в конфигурацию:
cd ~ && mcedit .bashrc
Добавляем export в конец файла (копируем и вставляем через Shift+Right Mouse Click)
Для JAVA_HOME:
export JAVA_HOME=...
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH - если устанавливали java не из Ubuntu репозитория
F2+F10
Далее
source .bashrc или . .bashrc - обновляем окружение
java -version - проверяем версию
echo $JAVA_HOME - проверяем переменную окружения